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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gcd | ||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF "AGED" AND "NON-AGED" ORGANOPHOSPHORYL CONJUGATES OF GAMMA-CHYMOTRYPSIN | ||||||
要素 | GAMMA-CHYMOTRYPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE(SERINE PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 キモトリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Harel, M. / Sussman, J.L. / Silman, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Refined crystal structures of "aged" and "non-aged" organophosphoryl conjugates of gamma-chymotrypsin. 著者: Harel, M. / Su, C.T. / Frolow, F. / Ashani, Y. / Silman, I. / Sussman, J.L. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Gamma-Chymotrypsin is a Complex of Alpha-Chymotrypsin with its Own Autolysis Products 著者: Harel, M. / Su, C.-T. / Frolow, F. / Silman, I. / Sussman, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gcd.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gcd.ent.gz | 46.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gcd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/1gcd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25686.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, キモトリプシン | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DEP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | COVALENTLY | 配列の詳細 | AMINO ACID SEQUENCE FOR THIS ENTRY IS TAKEN FROM BLOW ET AL., NATURE, 221, 337 (1969). | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: unknown / 詳細: Cohen, G.H., (1981) J. Mol. Biol., 148, 449. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 16854 / Num. measured all: 17990 / Rmerge(I) obs: 0.025 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 16171 / Rfactor all: 0.187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |