+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gao | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE L44S MUTANT OF FERREDOXIN I | ||||||
要素 | FERREDOXIN Iフェレドキシン | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Iron-sulfur clusters (鉄・硫黄クラスター) / ferredoxin (フェレドキシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Stout, C.D. / Burgess, B.K. / Prasad, G.S. / Sridhar, V. / Jung, Y.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Azotobacter vinelandii ferredoxin I: a sequence and structure comparison approach to alteration of [4Fe-4S]2+/+ reduction potential. 著者: Chen, K. / Jung, Y.S. / Bonagura, C.A. / Tilley, G.J. / Prasad, G.S. / Sridhar, V. / Armstrong, F.A. / Stout, C.D. / Burgess, B.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gao.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gao.ent.gz | 80.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gao.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/1gao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/1gao | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12033.450 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00214 #2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | ChemComp-F3S / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: Ammonium sulfate, Lithium sulfate, Tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 2 ℃ / pH: 7.4 / 詳細: Shen, B., (1994) J. Biol. Chem., 269, 8564. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月17日 / 詳細: SSRL beam line 7-1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 55252 / Num. obs: 30964 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.136 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7FD1 解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Xplor3.8
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.4 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|