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万見
- PDB-1g60: Crystal Structure of Methyltransferase MboIIa (Moraxella bovis) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g60
タイトルCrystal Structure of Methyltransferase MboIIa (Moraxella bovis)
要素Adenine-specific Methyltransferase MboIIA
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / MORAXELLA BOVIS (モラクセラ・ボービス) / DNA METHYLATION (DNAメチル化) / S-ADENOSYLMETHIONINE (S-アデノシルメチオニン) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction/modification DNA-methyltransferase / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシルメチオニン / Modification methylase MboII
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella bovis (モラクセラ・ボービス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of MboIIA methyltransferase.
著者: Osipiuk, J. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1991
タイトル: Cloning and Characterization of the MboII Restriction-modification System
著者: Bocklage, H. / Heeger, K. / Muller-Hill, B.
履歴
登録2000年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE DNA SEQUENCING OF THE CLONES SHOWED THERE IS A ALANINE CODON FOR RESIDUE 51 AND A ARGININE ...SEQUENCE DNA SEQUENCING OF THE CLONES SHOWED THERE IS A ALANINE CODON FOR RESIDUE 51 AND A ARGININE CODON FOR RESIDUE 111.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine-specific Methyltransferase MboIIA
B: Adenine-specific Methyltransferase MboIIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2286
ポリマ－60,3852
非ポリマー8434
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.818, 98.699, 50.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenine-specific Methyltransferase MboIIA / Modification methylase MboIIA


分子量: 30192.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella bovis (モラクセラ・ボービス)
プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P23192, Damメチラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 4% PEG monomethyl ether 5000, 50 mM potassium chloride, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 50 mM bicine, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.5 mMprotein1drop
25 mMTris-HCl1droppH7.5
375 mM1dropKCl
41 mMdithiothreitol1drop
5100 mMBicine1reservoirpH8.4
64 %PEG5000 MME1reservoir
750 mM1reservoirKCl
850 mM1reservoirNaCl
91 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00599 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月29日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00599 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→28.79 Å / Num. obs: 60668 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2974 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 60068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.74→29.75 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2417 -RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.199 ---
obs0.199 59974 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20.7 Å2-1.66 Å2
2--0 Å2-0.19 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 56 361 4305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.826 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.289 306
Rwork0.224 -
obs-8029
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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