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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g60 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Methyltransferase MboIIa (Moraxella bovis) | ||||||
![]() | Adenine-specific Methyltransferase MboIIA | ||||||
![]() | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / MORAXELLA BOVIS / DNA METHYLATION / S-ADENOSYLMETHIONINE / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of MboIIA methyltransferase. 著者: Osipiuk, J. / Walsh, M.A. / Joachimiak, A. #1: ![]() タイトル: Cloning and Characterization of the MboII Restriction-modification System 著者: Bocklage, H. / Heeger, K. / Muller-Hill, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE DNA SEQUENCING OF THE CLONES SHOWED THERE IS A ALANINE CODON FOR RESIDUE 51 AND A ARGININE ...SEQUENCE DNA SEQUENCING OF THE CLONES SHOWED THERE IS A ALANINE CODON FOR RESIDUE 51 AND A ARGININE CODON FOR RESIDUE 111. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30192.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P23192, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 4% PEG monomethyl ether 5000, 50 mM potassium chloride, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 50 mM bicine, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月29日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00599 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→28.79 Å / Num. obs: 60668 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2974 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 60068 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.826 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.198 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |