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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 1g5t
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ATP:CORRINOID ADENOSYLTRANSFERASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM. APO-ATP FORM
構成要素COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / P-loop protein / Cobalamin biosynthesis / RecA fold
機能・相同性ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase CobA/CobO/ButR / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP:corrinoid adenosyltransferase BtuR/CobO/CobP / corrinoid adenosyltransferase / cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / 細胞質 / Corrinoid adenosyltransferase
機能・相同性情報
試料の由来Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
実験手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 1.8 Å 分解能
データ登録者Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C. / Bauer, C.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2001
タイトル: Three-dimensional structure of ATP:corrinoid adenosyltransferase from Salmonella typhimurium in its free state, complexed with MgATP, or complexed with hydroxycobalamin and MgATP.
著者: Bauer, C.B. / Fonseca, M.V. / Holden, H.M. / Thoden, J.B. / Thompson, T.B. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2000年11月2日 / 公開: 2000年11月22日
改定日付Data content typeGroupProviderタイプ
1.02000年11月22日Structure modelrepositoryInitial release
1.12008年4月27日Structure modelVersion format compliance
1.22011年7月13日Structure modelDerived calculations / Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2853
ポリマ-21,7541
非ポリマ-5312
2,378132
1
A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5706
ポリマ-43,5072
非ポリマ-1,0634
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
2
A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5706
ポリマ-43,5072
非ポリマ-1,0634
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area (Å2)4600
ΔGint (kcal/M)-44
Surface area (Å2)13540
実験手法PISA,PQS
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)49.500, 49.500, 249.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP 65 2 2

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE / CORRINOID ADENOSYLTRANSFERASE


分子量: 21753.719 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
: Salmonellaサルモネラ / 遺伝子: COBA / 属 (発現宿主): Salmonella / 発現宿主: Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) / 参照: UniProt: P31570, corrinoid adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / : Mg / マグネシウム
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / : C10H16N5O13P3 / アデノシン三リン酸 / コメント: ATP (エネルギー貯蔵分子) *YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / : H2O /

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実験情報

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実験

実験実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Density Matthews: 2.03 / Density percent sol: 39.38 %
結晶化温度: 298 K / 実験手法: バッチ法 / pH: 5.5
詳細: 13% me-peg 350, 100 mM NaCl, 50 mM MES, pH 5.5, batch, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 実験手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度通称Crystal IDSol IDChemical formula
113 %methyl ether-polyethylene glycol 35011
2100 mM11NaCl
350 mM MES11
45 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 kelvins
線源由来: シンクロトロン / タイプ: APS BEAMLINE 19-ID / シンクロトロンのサイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.7009
ディテクタタイプ: APS-1 / ディテクタ: CCD / Collection date: 1999年7月1日
放射Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Diffraction protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic or laue m l: M / Scattering type: x-ray
放射波長波長: 0.7009 Å / 相対比: 1
反射D resolution high: 1.8 Å / D resolution low: 3 Å / Number all: 17014 / Number obs: 17014 / Observed criterion sigma F: 0 / Observed criterion sigma I: 0 / Rmerge I obs: 0.061 / NetI over sigmaI: 31.6 / Redundancy: 8.3 % / Percent possible obs: 93.3
反射シェルRmerge I obs: 0.31 / 最高分解能: 1.8 Å / 最低分解能: 1.86 Å / Redundancy: 4.7 % / Percent possible all: 63
Reflection shell
*PLUS
Number unique obs: 1357 / Percent possible obs: 63

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoREphasing
TNTrefinement
d*TREKdata reduction
DENZOdata reduction
SCALEPACKdata scaling
精密化構造決定の手法: 分子置換 / R Free selection details: random / Sigma F: 0 / Sigma I: 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
最小二乗法精密化のプロセスR factor R free: 0.267 / R factor R work: 0.192 / R factor all: 0.192 / R factor obs: 0.192 / 最高分解能: 1.8 Å / 最低分解能: 3 Å / Number reflection R free: 1435 / Number reflection all: 14575 / Number reflection obs: 14575
精密化 #LAST最高分解能: 1.8 Å / 最低分解能: 3 Å
置いた原子数 #LASTタンパク質: 1207 / 核酸: 0 / リガンド: 32 / 溶媒: 132 / 合計: 1371
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0.007
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化中の拘束条件
*PLUS
Refine IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg16.8
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.007

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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