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- PDB-1g5t: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ATP:CORRINOID ADENOSYLTRANSFER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5t
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ATP:CORRINOID ADENOSYLTRANSFERASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM. APO-ATP FORM
要素COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / P-loop protein (Walkerモチーフ) / Cobalamin biosynthesis / RecA fold
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase CobA/CobO/BtuR / ATP:corrinoid adenosyltransferase BtuR/CobO/CobP / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Corrinoid adenosyltransferase CobA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C. / Bauer, C.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of ATP:corrinoid adenosyltransferase from Salmonella typhimurium in its free state, complexed with MgATP, or complexed with hydroxycobalamin and MgATP.
著者: Bauer, C.B. / Fonseca, M.V. / Holden, H.M. / Thoden, J.B. / Thompson, T.B. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
履歴
登録2000年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2853
ポリマ－21,7541
非ポリマー5312
水2,378132
1
A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5706
ポリマ－43,5072
非ポリマー1,0634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
2
A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5706
ポリマ－43,5072
非ポリマー1,0634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.500, 49.500, 249.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 COB(I)ALAMIN ADENOSYLTRANSFERASE / CORRINOID ADENOSYLTRANSFERASE


分子量: 21753.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: COBA / 発現宿主: Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) / 参照: UniProt: P31570, corrinoid adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 5.5
詳細: 13% me-peg 350, 100 mM NaCl, 50 mM MES, pH 5.5, batch, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113 %methyl ether-polyethylene glycol 35011
2100 mM11NaCl
350 mM MES11
45 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.7009 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月1日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 17014 / Num. obs: 17014 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / % possible all: 63
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63 % / Num. unique obs: 1357

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
TNT精密化
d*TREKデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.267 1435 random
Rwork0.192 --
all0.192 14575 -
obs0.192 14575 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1207 0 32 132 1371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0.007
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg16.8
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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