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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fts | ||||||
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タイトル | SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR FROM E. COLI | ||||||
要素 | FTSY | ||||||
キーワード | SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR / GTPASE (GTPアーゼ) / PROTEIN TARGETING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity ...signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Montoya, G. / Svensson, C. / Luirink, J. / Sinning, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of the NG domain from the signal-recognition particle receptor FtsY. 著者: Montoya, G. / Svensson, C. / Luirink, J. / Sinning, I. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of the Ng Domain from the Signal-Recognition Particle Receptor Ftsy 著者: Montoya, G. / Svensson, C. / Luirink, J. / Sinning, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fts.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fts.ent.gz | 57.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fts.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/1fts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/1fts | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32182.012 Da / 分子数: 1 / 断片: NG-DOMAIN RESIDUES 197 - 497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM, CYTOPLASMA MEMBRANE細胞質 / プラスミド: PET9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10121 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, pH 6.0, vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.99 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 15365 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 15 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.038 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→7.5 Å / 交差検証法: YES / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7.5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |