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- PDB-3fuu: T. thermophilus 16S rRNA A1518 and A1519 methyltransferase (KsgA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fuu
タイトルT. thermophilus 16S rRNA A1518 and A1519 methyltransferase (KsgA) in complex with Adenosine in space group P212121
要素Dimethyladenosine transferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / dimethyltransferase / dual-specific methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase / translation / Antibiotic resistance / RNA-binding / rRNA processing / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Demirci, H. / Belardinelli, R. / Seri, E. / Gregory, S.T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural rearrangements in the active site of the Thermus thermophilus 16S rRNA methyltransferase KsgA in a binary complex with 5'-methylthioadenosine.
著者: Demirci, H. / Belardinelli, R. / Seri, E. / Gregory, S.T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethyladenosine transferase
A: ADENOSINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1762
ポリマ－29,9091
非ポリマー2671
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.195, 61.263, 82.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dimethyladenosine transferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / High ...S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / High level kasugamycin resistance protein ksgA / Kasugamycin dimethyltransferase


分子量: 29908.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: ksgA, TTHA0083 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)Star
参照: UniProt: Q5SM60, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch technique under oil / pH: 7.5
詳細: 50 mM magnesium chloride hexahydrate, 100 mM HEPES (pH 7.5) and 30% v/v polyethylene glycol monomethyl ether 550, microbatch technique under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD
詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→25 Å / Num. obs: 41095 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.27
反射 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4080 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.53→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.127 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2054 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 40638 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.07 Å2 / Biso mean: 25.428 Å2 / Biso min: 14.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2061 0 19 378 2458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4142.0112960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9925270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.76821.08792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52915356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9951528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21507
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7231.51375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07522163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9353884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9074.5797
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 144 -
Rwork0.287 2861 -
all-3005 -
obs-2861 99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0502-0.47710.86931.3779-0.64171.1074-0.0926-0.00140.14540.19050.0304-0.1888-0.0777-0.01860.0622-0.02640.013-0.038-0.0231-0.0248-0.02432.003516.18815.1048
21.27490.16920.70560.7722-0.13430.54490.0268-0.047-0.06090.06670.03130.02390.0274-0.0393-0.0581-0.02940.0309-0.0078-0.0139-0.0025-0.04120.9799.7511.4304
31.95791.31861.28442.73120.54021.80570.41310.047-0.24590.07580.02060.06220.3499-0.1342-0.4337-0.0102-0.0142-0.1205-0.0390.02850.04230.4136-7.98834.6707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3A201 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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