ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 0.4B精密化 | |
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精密化 | 解像度: 1.9→28.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 329247.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.25 | 2738 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.222 | - | - | - |
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all | 0.222 | 226830 | - | - |
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obs | 0.222 | 54056 | 93.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.49 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 4.61 Å2 | 2.92 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 4.61 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -9.22 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.24 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.27 Å | 0.25 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.52 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3682 | 0 | 16 | 391 | 4089 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.83 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.92 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.51 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.4 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.12 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.32 | 470 | 5.6 % |
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Rwork | 0.299 | 7966 | - |
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obs | - | - | 88.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 3 | CARBOHYDRATE.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAM | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4B / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.25 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33.4 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.83 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 / % reflection Rfree: 5.6 % / Rfactor Rwork: 0.299 |
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