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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f7n | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. | ||||||
要素 | POL POLYPROTEIN | ||||||
キーワード | Viral protein (ウイルスタンパク質) / hydrolase (加水分解酵素) / Eight stranded beta barrel protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / magnesium ion binding / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Prasad, G.S. / Stura, E.A. / Elder, J.H. / Stout, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Structures of feline immunodeficiency virus dUTP pyrophosphatase and its nucleotide complexes in three crystal forms. 著者: Prasad, G.S. / Stura, E.A. / Elder, J.H. / Stout, C.D. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of dUTP Pyrophosphatase from Feline Immunodeficiency Virus 著者: Prasad, G.S. / Stura, E.A. / McRee, D.E. / Laco, G.S. / Hasselkus-Light, C. / Elder, J.H. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f7n.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f7n.ent.gz | 44 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/1f7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/1f7n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Trimer is the functional form of the enzyme |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14730.169 Da / 分子数: 2 / 断片: DUTPASE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / プラスミド: FIV-34TF10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P16088, dUTP diphosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 13% MPEG 5K, 50 mM Cacodylate. The crystals were soaked in 10 mM dUTP for 24 hrs, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 88228 / Num. obs: 15858 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.027 / % possible all: 58.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 88228 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 58.1 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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