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万見
- PDB-1f5x: NMR STRUCTURE OF THE Y174 AUTOINHIBITED DBL HOMOLOGY DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f5x
タイトルNMR STRUCTURE OF THE Y174 AUTOINHIBITED DBL HOMOLOGY DOMAIN
要素RHO-GEF VAV
キーワードSIGNALING PROTEIN / 11 alpha-HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / RAC1 GTPase cycle / VEGFR2 mediated vascular permeability ...Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / RAC1 GTPase cycle / VEGFR2 mediated vascular permeability / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (12/13) signalling events / phosphorylation-dependent protein binding / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of cell size / positive regulation of cell adhesion / T cell differentiation / phagocytosis / T cell activation / neutrophil chemotaxis / phosphotyrosine residue binding / reactive oxygen species metabolic process / guanyl-nucleotide exchange factor activity / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell junction / cell migration / intracellular signal transduction / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene vav
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Aghazadeh, B. / Rosen, M.K. / Lowry, W.E. / Huang, X.Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Structural basis for relief of autoinhibition of the Dbl homology domain of proto-oncogene Vav by tyrosine phosphorylation.
著者: Aghazadeh, B. / Lowry, W.E. / Huang, X.Y. / Rosen, M.K.
履歴
登録2000年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO-GEF VAV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4901
ポリマ－24,4901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #16closest to the average

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要素

#1: タンパク質 RHO-GEF VAV


分子量: 24490.309 Da / 分子数: 1 / 断片: DBL HOMOLOGY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27870

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C-separated NOESY
1214D 13C/15N-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
1413D 13C-separated NOESY
1512D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using 3D and 4D heteronuclear techniques on deuterated samples in conjunction with selective methyl and aromatic labeling

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試料調製

詳細内容: 1.4 mM 15N,13C,2H; 20 mM phosphate buffer; 50 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 70 mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR2Variancollection
NMRPipe2Delaglio解析
NMRView2.1.2Johnsonデータ解析
CNS0.3Brunger構造決定
ARIA1Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: CNS was used in the initial global fold determination. High-resolution structures were obtained using ARIA. Final structures are based on a total of 3966 restraints, 3523 are NOE-derived ...詳細: CNS was used in the initial global fold determination. High-resolution structures were obtained using ARIA. Final structures are based on a total of 3966 restraints, 3523 are NOE-derived distance constraints, 443 dihedral angle restraints, 96 distance restraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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