+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ezr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NUCLEOSIDE HYDROLASE FROM LEISHMANIA MAJOR | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE HYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 イノシンヌクレオシダーゼ / uridine nucleosidase / inosine nucleosidase activity / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / purine-containing compound salvage / nucleotide metabolic process / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania major (大形リーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, W. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Nucleoside hydrolase from Leishmania major. Cloning, expression, catalytic properties, transition state inhibitors, and the 2.5-a crystal structure. 著者: Shi, W. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ezr.cif.gz | 238.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ezr.ent.gz | 193.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ezr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezr | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a tetramer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34306.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) プラスミド: PMW172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83851, プリンヌクレオシダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→99 Å / Num. all: 41035 / Num. obs: 41035 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.84 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Num. unique all: 3273 / % possible all: 67.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 113835 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1.4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 37.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|