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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1exu | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN MHC-RELATED FC RECEPTOR | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | West Jr., A.P. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Crystal structure and immunoglobulin G binding properties of the human major histocompatibility complex-related Fc receptor(,). 著者: West Jr., A.P. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1exu.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1exu.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1exu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1exu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1exu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fru S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the heterodimer of chains A and B given in this structure |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29720.383 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLACENTA胎盤 / プラスミド: PBJ5-GS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P55899 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PBJ1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P61769 |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: ammonium sulfate, glycerol, tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 8.5 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 14445 / Num. obs: 14245 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 55.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Num. unique all: 1393 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 79025 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 1374 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FRU 1fru 解像度: 2.7→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1796528.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.857 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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