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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1esb | ||||||
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タイトル | DIRECT STRUCTURE OBSERVATION OF AN ACYL-ENZYME INTERMEDIATE IN THE HYDROLYSIS OF AN ESTER SUBSTRATE BY ELASTASE | ||||||
要素 | PORCINE PANCREATIC ELASTASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEINASE (セリンプロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ding, X. / Rasmussen, B. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Direct structural observation of an acyl-enzyme intermediate in the hydrolysis of an ester substrate by elastase. 著者: Ding, X. / Rasmussen, B.F. / Petsko, G.A. / Ringe, D. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1989 タイトル: Crystal Structure of the Covalent Complex Formed by a Peptidyl Alpha,Alpha-Difluoro-Beta-Keto Amide with Porcine Pancreatic Elastase at 1.78 Angstroms Resolution 著者: Takahashi, L.H. / Radhakrishnan, R. / Rosenfield Junior, R.E. / Meyer Junior, E.F. / Trainor, D.A. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988 タイトル: Structure of Native Procine Pancreatic Elastase at 1.65 Angstroms Resolution 著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980 タイトル: Structures of Product and Inhibitor Complexes of Streptomyces Griseus Protease a at 1.8 Angstroms Resolution 著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R. / Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1976 タイトル: Formation of Stable Crystalline Enzyme-Substrate Intermediates at Sub-Zero Temperatures 著者: Fink, A.L. / Ahmed, A.I. #5: ジャーナル: Nature / 年: 1976 タイトル: Crystal Structure of Elastase-Substrate Complex at-55 Degc 著者: Alber, T. / Petsko, G.A. / Tsernoglou, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA- ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA-BARRELS. THIS IS REPRESENTED BY SEVEN-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRAND OF EACH SHEET ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1esb.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1esb.ent.gz | 46.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1esb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase |
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#2: 化合物 | ChemComp-BBL / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | BBL IS COVALENTLY LINKED TO SER 203. THE P-NITROPHENYL GROUP ORIGINALLY PRESENT IN BBL MOLECULE IS ...BBL IS COVALENTLY |
配列の詳細 | THE RESIDUE NUMBERING SCHEME FOR THE PROTEIN IS SEQUENTIAL STARTING WITH VAL 16 AND ENDING WITH ASN ...THE RESIDUE NUMBERING SCHEME FOR THE PROTEIN IS SEQUENTIAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 2 ℃ / pH: 5 / 手法: unknown / 詳細: Sawyer, L., (1978) J. Mol. Biol., 118, 137. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 11 Å / Num. all: 10437 / Num. obs: 10437 / % possible obs: 97 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / Rfactor Rwork: 0.21 / Rfactor obs: 0.21 / σ(F): 1 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.21 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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