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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eo7 | |||||||||
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タイトル | BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH MALTOHEXAOSE | |||||||||
要素 | PROTEIN (CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE) | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA-AMYLASE / MALTOHEXAOSE / OLIGOSACCHARIDE / FAMILY 13 GLYCOSYL HYDROLASE / TRANSGLYCOSYLATION / INDUCED FIT / CATALYSIS / CYCLODEXTRIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Uitdehaag, J.C.M. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Structures of maltohexaose and maltoheptaose bound at the donor sites of cyclodextrin glycosyltransferase give insight into the mechanisms of transglycosylation activity and cyclodextrin size specificity. 著者: Uitdehaag, J.C. / van Alebeek, G.J. / van Der Veen, B.A. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: The Cyclization Mechanism of Cyclodextrin Glycosyltransferase (CGTase) as Revealed by a Gamma-Cyclodextrin-Cgtase Complex at 1.8 Angstrom Resolution 著者: Uitdehaag, J.C.M. / Kalk, K.H. / Van Der Veen, B.A. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: X-Ray Structures Along the Reaction Pathway of Cyclodextrin Glycosyltransferase Elucidate Catalysis in the Alpha-Amylase Family 著者: Uitdehaag, J.C.M. / Mosi, R. / Kalk, K.H. / Van Der Veen, B.A. / Dijkhuizen, L. / Withers, S.G. / Dijkstra, B.W. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Crystallographic Studies of the Interaction of Cyclodextrin Glycosyltransferase from Bacillus Circulans Strain 251 with Natural Substrates and Products 著者: Knegtel, R.M.A. / Strokopytov, B. / Penninga, D. / Faber, O.G. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Structure of Cyclodextrin Glycosyltransferase Complexed with a Maltononaose Inhibitor at 2.6 Angstrom Resolution. Implications for Product Specificity 著者: Strokopytov, B. / Knegtel, R.M.A. / Penninga, D. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eo7.cif.gz | 151.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eo7.ent.gz | 117.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1eo7_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1eo7_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1eo7_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1eo7_validation.cif.gz | 41.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/1eo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/1eo7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 74457.375 Da / 分子数: 1 / 変異: E257A/D229A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 株: 251 / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PDP66S / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) 参照: UniProt: P43379, cyclomaltodextrin glucanotransferase |
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-糖 , 3種, 4分子
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltohexaose | ||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose | |
-非ポリマー , 2種, 148分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | THIS IS THE STRUCTURE OF B. CIRCULANS 251 E257A/D229A CGTASE WITH MALTOHEPTA |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 60% MPD, 100 mM Tris, 5% w/v maltose, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.1 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Lawson, C.L., (1994) J. Mol. Biol., 236, 590. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0001 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→78 Å / Num. all: 28669 / Num. obs: 26146 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.27 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 14.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1604 / Rsym value: 0.225 / % possible all: 86.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CXL 解像度: 2.48→7 Å / Isotropic thermal model: TNT STANDARD LIBRARY / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: for sugar restraints see related entries
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 117.9 Å2 / ksol: 0.935 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.231 / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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