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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eed | ||||||
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タイトル | X-ray crystallographic analysis of inhibition of endothiapepsin by cyclohexyl renin inhibitors | ||||||
要素 | ENDOTHIAPEPSINエンドチアペプシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTIC PROTEINASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Blundell, T.L. / Frazao, C. / Cooper, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: X-ray crystallographic analysis of inhibition of endothiapepsin by cyclohexyl renin inhibitors. 著者: Cooper, J. / Quail, W. / Frazao, C. / Foundling, S.I. / Blundell, T.L. / Humblet, C. / Lunney, E.A. / Lowther, W.T. / Dunn, B.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eed.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eed.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eed.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1eed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1eed | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 23 / 2: CIS PROLINE - PRO 133 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) 参照: UniProt: P11838, エンドチアペプシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-0EO / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE INHIBITOR PD125754 EXTENDS FROM P4 TO P2'. THE INHIBITOR HAS A TERT-BUTYL OXY CARBONYL (BOG) AT ...THE INHIBITOR PD125754 EXTENDS FROM P4 TO P2'. THE INHIBITOR HAS A TERT-BUTYL OXY CARBONYL (BOG) AT P4, A PHE-GLY DIPEPTIDE HYDROXYETH |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Moews, P., (1970) J. Mol. Biol., 54, 395. / PH range low: 6.3 / PH range high: 4.5 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 18024 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 88024 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア | 名称: RESTRAIN / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.152 / 最高解像度: 2 Å 詳細: THE ATOMIC TEMPERATURE FACTORS IN THIS ENTRY ARE GIVEN AS U VALUES NOT B VALUES. B VALUES MAY BE CALCULATED BY THE THE FOLLOWING: BISO (BISO = 8 PI==2== UISO). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |