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- PDB-1ebl: THE 1.8 A CRYSTAL STRUCTURE AND ACTIVE SITE ARCHITECTURE OF BETA-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ebl
タイトルTHE 1.8 A CRYSTAL STRUCTURE AND ACTIVE SITE ARCHITECTURE OF BETA-KETOACYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE III (FABH) FROM ESCHERICHIA COLI
要素BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / CONDENSING ENZYME / FATTY ACID SYNTHESIS / LIPID METABOLISM / ALPHA-BETA PROTEIN / FIVE-LAYERED FOLD / COENZYME A BINDING PROTEIN / HELIX DIPOLE / MALONYL COA DECARBOXYLATING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Davies, C. / Heath, R.J. / White, S.W. / Rock, C.O.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: The 1.8 A crystal structure and active-site architecture of beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (FabH) from escherichia coli.
著者: Davies, C. / Heath, R.J. / White, S.W. / Rock, C.O.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Isolation and characterization of the beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III gene (fabH) from Escherichia coli K-12
著者: Tsay, J.T. / Oh, W. / Larson, T.J. / Jackowski, S. / Rock, C.O.
履歴
登録2000年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III
B: BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3814
ポリマ－67,8462
非ポリマー1,5352
水12,683704
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.130, 64.300, 165.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.33103, -0.40231, -0.85256), (-0.40502, -0.75642, 0.5136), (-0.85228, 0.51573, 0.08745)
ベクター: 1.0E-5, 2.0E-5, 2.0E-5)
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A and chain B as represented in the crystal asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III / KAS III


分子量: 33923.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8-2.0 M ammonium sulphate, 2% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50.5 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
41 mMdithiothreitol1drop
51.8-2.0 Mammonium sulfate1reservoir
62 %PEG4001reservoir
7100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.6 Å / Num. all: 230489 / Num. obs: 61752 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.73 % / Biso Wilson estimate: 17.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.52
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 2.88 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Num. unique all: 8193 / % possible all: 89.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 230489
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Restrained refinement with maximum likelihood residual, Minimization by sparse matrix
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 6164 -RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 230489 --
obs0.189 61640 97.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4702 0 96 704 5502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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