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万見
- PDB-1e76: NMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN IM1 POINT MUTATION VARI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+76
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN IM1 POINT MUTATION VARIANT D5N
要素ALPHA-CONOTOXIN IM1(D5N)
キーワードPEPTIDE TOXIN / NEUROTOXIN (神経毒) / NEURONAL NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR ANTAGONIST / ALPHA-CONOTOXIN / NMR SOLUTION STRUCTURE
機能・相同性Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin ImI
機能・相同性情報
生物種CONUS IMPERIALIS (ミカドミナシ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMISATION
データ登録者Rogers, J.P. / Luginbuhl, P. / Pemberton, K. / Harty, P. / Wemmer, D.E. / Stevens, R.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure-Activity Relationships in a Peptidic Alpha7 Nicotinic Acetylcholine Receptor Antagonist
著者: Rogers, J.P. / Luginbuhl, P. / Pemberton, K. / Harty, P. / Wemmer, D.E. / Stevens, R.C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: NMR Solution Structure of Alpha-Conotoxin Imi and Comparison to Other Conotoxins Specific for Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptors
著者: Rogers, J.P. / Luginbuhl, P. / Shen, G.S. / Mccabe, R.T. / Stevens, R.C. / Wemmer, D.E.
#2: ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 1995
タイトル: Alpha-Conotoxin Imi Exhibits Subtype-Specific Nicotinic Acetylcholine Receptor Blockade: Preferential Inhibition of Homomeric Alpha7 and Alpha9 Receptors
著者: Johnson, D.S. / Martinez, J. / Elgoyhen, A.B. / Heinemann, S.F. / Mcintosh, J.M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: A Nicotinic Acetylcholine Receptor Ligand of Unique Specificity, Alpha-Conotoxin Imi
著者: Mcintosh, J.M. / Yoshikami, D. / Mahe, E. / Nielsen, D.B. / Rivier, J.E. / Gray, W.R. / Olivera, B.M.
履歴
登録2000年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_nmr_representative
Item: _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria
改定 1.42020年1月15日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CONOTOXIN IM1(D5N)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3561
ポリマ－1,3561
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40LOWEST RESIDUAL TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #7closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CONOTOXIN IM1(D5N)


分子量: 1355.616 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHESIZED USING STANDARD FMOC CHEMISTRY. IM1 SEQUENCE FOUND NATURALLY IN CONUS IMPERIALIS VENOM
由来: (合成) CONUS IMPERIALIS (ミカドミナシ) / 参照: UniProt: P50983

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121ROESY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: DATA CONSIST OF 70 UPPER LIMITS ON DISTANCES OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND 34 ANGLE CONSTRAINTS OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS. THESE INPUT DATA ARE ALSO ...Text: DATA CONSIST OF 70 UPPER LIMITS ON DISTANCES OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND 34 ANGLE CONSTRAINTS OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS. THESE INPUT DATA ARE ALSO AVAILABLE FROM THE PROTEIN DATA BANK. FIVE STEREOSPECIFIC RESONANCE ASSIGNMENTS HAVE BEEN MADE. TORSION ANGLE DYNAMICS CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH THE PROGRAM DYANA (P. GUNTERT, C. MUMENTHALER, K. WUTHRICH, J. MOL. BIOL. (1997) VOL. 273, 283-298). FOR THE RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION THE PROGRAM OPAL (P. LUGINBUHL, P. GUNTERT, M. BILLETER, K. WUTHRICH, J. BIOMOL. NMR (1996) VOL. 8, 136-146) WAS USED. DEPOSITED COORDINATES ARE THOSE OF CONFORMERS 1-20 IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. NO VIOLATIONS OF DISTANCE CONSTRAINTS FROM NOES EXCEED 0.10 ANGSTROMS, AND NO VIOLATIONS OF ANGLE CONSTRAINTS EXCEED 2.0 DEGREES. REPRESENTATIVE CONFORMER HAS THE SMALLEST RMSD TO THE MEAN STRUCTURE UPON SUPERPOSITION OF THE BACKBONE ATOMS N, CA, AND C' OF RESIDUES 2-11.

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試料調製

試料状態pH: 4.1 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 400 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
OPALLUGINBUHL,GUNTERT,BILLETER,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
OPAL構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMISATION
ソフトェア番号: 1
詳細: FOR THE PRESENT STRUCTURES THE NMR DISTANCE CONSTRAINTS WERE WEIGHTED SUCH THAT A VIOLATION OF AN UPPER DISTANCE LIMIT OF 0.1 ANGSTROM CORRESPONDS TO AN ENERGY OF KT/2. THE CONSTRAINTS ON ...詳細: FOR THE PRESENT STRUCTURES THE NMR DISTANCE CONSTRAINTS WERE WEIGHTED SUCH THAT A VIOLATION OF AN UPPER DISTANCE LIMIT OF 0.1 ANGSTROM CORRESPONDS TO AN ENERGY OF KT/2. THE CONSTRAINTS ON DIHEDRAL ANGLES RESULTING FROM MEASUREMENTS OF VICINAL COUPLING CONSTANTS WERE WEIGHTED SUCH THAT A VIOLATION OF 2.5 DEGREES CORRESPONDS TO AN ENERGY OF KT/2.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESIDUAL TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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