PDB-6ota: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE IN SOLUTION OF THE RIBBON DISULFIDE I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ota

タイトル

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE IN SOLUTION OF THE RIBBON DISULFIDE ISOMER OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR ANTAGONIST ALPHA-CONOTOXIN TxIA

要素

Alpha-conotoxin TxIA

キーワード

TOXIN / Conotoxin Nicotinic Acetylcholine Receptor Antagonist

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin TxIA

機能・相同性情報

生物種

Conus textile (タガヤサンミナシ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Clark, R.J. / Nicke, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional analysis of E. Coli-expressed 4/7 alpha-conotoxin analogues reveals preferential formation of ribbon isomers
著者: El Hamdaoui, Y. / Wu, X. / Clark, R.J. / Garibaldi, J. / Anangi, R. / Craik, D.J. / King, G.F. / Dutertre, S. / Kaas, Q. / Herzig, V. / Nicke, A.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ota.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ota.ent.gz	53.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ota.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ota_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ota_full_validation.pdf.gz	579 KB	表示
XML形式データ	6ota_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	6ota_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6ota ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6ota	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2h8s-d 6d37-d 1e74-d 2mg6-d 1imi-d 2ak0-d 2md6-d 1e76-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30609THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE IN SOLUTION OF THE RIBBON DISULFIDE ISOMER OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR ANTAGONIST ALPHA-CONOTOXIN TxIA

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin TxIA

1.66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin TxIA / Conotoxin tx1a 分子量: 1663.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus textile (タガヤサンミナシ) / 参照: UniProt: P0DM21
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	2 mg/L ribbon TxIA, 90% H2O/10% D2O	sample_1	90% H2O/10% D2O
solution	2	2 mg/mL ribbon TxIA, 100% D2O	sample_2	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mg/L	ribbon TxIA	none	1
2 mg/mL	ribbon TxIA	none	2

試料状態

イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 4 / PH err: 0.5 / 圧: ambient atm / 温度: 280 K / Temperature err: 0.2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA	3.97	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CcpNmr Analysis		CCPN	データ解析
TALOS		Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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