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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e6e | ||||||
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タイトル | ADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ELECTRON TRANSFERASE / [2FE-2S]FERREDOXIN / ADRENODOXIN / ELECTRON TRANSPORT / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adrenodoxin-NADP+ reductase / NADPH-adrenodoxin reductase activity / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / NADPH oxidation ...adrenodoxin-NADP+ reductase / NADPH-adrenodoxin reductase activity / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / NADPH oxidation / steroid biosynthetic process / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, J.J. / Lapko, A. / Bourenkov, G. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Adrenodoxin Reductase-Adrenodoxin Complex Structure Suggests Electron Transfer Path in Steroid Biosynthesis. 著者: Mueller, J.J. / Lapko, A. / Bourenkov, G. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: X-Ray Structure of Bovine Adrenodoxin Reductase -Adrenodoxin Complex at 2.5 A Resolution: The First Three-Dimensional Structure of a Complex of Two Components of the Steroidogenic ...タイトル: X-Ray Structure of Bovine Adrenodoxin Reductase -Adrenodoxin Complex at 2.5 A Resolution: The First Three-Dimensional Structure of a Complex of Two Components of the Steroidogenic Electron Transport System in Adrenal Cortex Mitochondria 著者: Mueller, J.J. / Lapko, A. / Bourenkov, G. / Mueller, E.C. / Otto, A. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U. #2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1997 タイトル: Preparation and Crystallization of a Cross-Linked Complex of Bovine Adrenodoxin and Adrenodoxin Reductase 著者: Lapko, A. / Mueller, A. / Heese, O. / Ruckpaul, K. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e6e.cif.gz | 237 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e6e.ent.gz | 189.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e6e_validation.pdf.gz | 996.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e6e_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1e6e_validation.xml.gz | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e6e_validation.cif.gz | 63.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/1e6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/1e6e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 50360.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COVALENT CROSSLINK BETWEEN LYS27 OF ADR AND ASP39 OF ADX 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: STEROIDOGENIC TISSUES / Cell: MITOCHONDRION 細胞内の位置: ATTACHED TO INNER MITOCHONDRIAL MEMBRANE 器官: ADRENAL GLAND / Organelle: MITOCHONDRIAL MATRIX / プラスミド: PBAR1607 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P08165, ferredoxin-NADP+ reductase, adrenodoxin-NADP+ reductase #2: タンパク質 | 分子量: 14031.734 Da / 分子数: 2 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COVALENT CROSSLINK BETWEEN LYS27 OF ADR AND ASP39 OF ADX 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: STEROIDOGENIC TISSUES / Cell: MITOCHONDRION / 器官: ADRENAL GLAND / Organelle: MITOCHONDRIAL MATRIX / プラスミド: PKKHC, PMIXT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00257 |
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-非ポリマー , 4種, 283分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN B, D ENGINEERED MUTATION SER1GLY REDUCED ADRENODOXIN + NADP(+) = OXIDIZED ADRENODOXIN + NADPH ...CHAIN B, D ENGINEERED |
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配列の詳細 | FIRST 32 RESIDUES OF ADR SWISS-PROT SEQUENCE REFER TO A MITOCHONDRIAL LEADER SEQUENCE THAT WAS ...FIRST 32 RESIDUES OF ADR SWISS-PROT SEQUENCE REFER TO A MITOCHONDR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Lapko, A., (1997) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 28, 289. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.046 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.046 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 55229 / % possible obs: 79.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 11 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 56 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 201839 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1AYF AND 1CJC 解像度: 2.3→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4745426 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.9964 Å2 / ksol: 0.348512 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å |