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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1duk | ||||||
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タイトル | WILD-TYPE RECOMBINANT SPERM WHALE METAQUOMYOGLOBIN | ||||||
要素 | WILD-TYPE RECOMBINANT SPERM WHALE METAQUOMYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Oxygen-storage protein / myoglobin (ミオグロビン) / heme protein / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.13 Å | ||||||
データ登録者 | Barrick, D. / Dahlquist, F.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2000 タイトル: Trans-substitution of the proximal hydrogen bond in myoglobin: I. Structural consequences of hydrogen bond deletion. 著者: Barrick, D. / Dahlquist, F.W. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Trans-substitution of the proximal hydrogen bond in myoglobin: II. Energetics, functional consequences, and implications for hemoglobin allostery 著者: Barrick, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1duk.cif.gz | 44 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1duk.ent.gz | 30.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1duk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1duk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1duk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FERRIC PROTOPORPHYRIN IX BOUND DURING BACTERIAL EXPRESSION OF THE PROTEIN 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) プラスミド: PMB413B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 35 % PEG 8000, 0.3 M NaOAc, 0.1 M PIPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP Temp details: Room temperature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: Room temperature |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→20 Å / Num. all: 7405 / Num. obs: 7405 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 2.21 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 7.74 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.29 Å / 冗長度: 1.36 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Num. unique all: 838 / % possible all: 47 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 47 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.13→20 Å 立体化学のターゲット値: Bond lengths 0.02 rms; bond angles 3 degrees rms, trig planes 0.02 rms; general planes 0.02 rms; B-correlation 6.0 square angstroms rms.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→20 Å
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拘束条件 |
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