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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dl3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MUTUALLY GENERATED MONOMERS OF DIMERIC PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE FROM THERMOTOGA MARITIMA | ||||||
要素 | PROTEIN (PHOSPHORIBOSYLANTRANILATE ISOMERASE) | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / OLIGOMERISATION (オリゴマー) / THERMOSTABILITY (耐熱性) / THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ) / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学) / DIMER EVOLUTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylanthranilate isomerase / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Thoma, R. / Hennig, M. / Sterner, R. / Kirschner, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Structure and function of mutationally generated monomers of dimeric phosphoribosylanthranilate isomerase from Thermotoga maritima. 著者: Thoma, R. / Hennig, M. / Sterner, R. / Kirschner, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dl3.cif.gz | 87.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dl3.ent.gz | 67.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dl3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/1dl3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22973.348 Da / 分子数: 2 / 変異: A25Y,F55E,I101W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) プラスミド: PET11C-TTRPF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: ENGINEERED MUTATION 参照: UniProt: Q56320, phosphoribosylanthranilate isomerase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 MM EDTA 0.5 MM DTT 0.1 M HEPES/NAOH 16.7 MG/ML PROTEIN 0.75 M POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE 0.75 M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 51809 / Num. obs: 11375 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 51809 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.317 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.175 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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