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- PDB-1nsj: CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE FROM T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nsj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE FROM THERMOTOGA MARITIMA
要素PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE / THERMOSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase family / N-(5'phosphoribosyl) anthranilate isomerase (PRAI) domain / N-(5'phosphoribosyl)anthranilate (PRA) isomerase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hennig, M. / Jansonius, J.N.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure at 2.0 A resolution of phosphoribosyl anthranilate isomerase from the hyperthermophile Thermotoga maritima: possible determinants of protein stability.
著者: Hennig, M. / Sterner, R. / Kirschner, K. / Jansonius, J.N.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Phosphoribosyl Anthranilate Isomerase from Thermotoga Maritima is an Extremely Stable and Active Homodimer
著者: Sterner, R. / Kleemann, G.R. / Szadkowski, H. / Lustig, A. / Hennig, M. / Kirschner, K.
履歴
登録1996年9月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1662
ポリマ－23,0711
非ポリマー951
水1,910106
1
A: PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3314
ポリマ－46,1412
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)68.400, 68.400, 185.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE / PRAI


分子量: 23070.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TRPF / プラスミド: PQE-60 / 遺伝子 (発現宿主): TRPF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q56320, phosphoribosylanthranilate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: HEAVY ATOM DERIVATIVE PHASING
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN 19.4 MG/ML IN 0.05 M POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.5, 1MM EDTA, 0.4 MM DTT MIXED WITH RESERVOIR 1:1 CONTAINING 1.5-2.1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM COCL2, 0.1 M MES PH 6.5,
PH範囲: 6.5-7.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
119.4 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
31 mMEDTA1drop
40.4 mMdithiothreitol1drop
51.5-2.1 Mammonium sulfate1reservoir
610 mM1reservoirCoCl2
70.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 17903 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 118018
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→15 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 129 - 136 ARE IN THE MODEL WITH OCCUPANCIES = 0, BECAUSE THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR THESE RESIDUES; THEY WERE BUILT STEREOCHEMICALLY ONLY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 -10 %
Rwork0.192 --
obs0.192 17833 98.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1561 0 5 106 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 81 10 %
Rwork0.373 720 -
obs--94.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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