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- PDB-4k8g: Crystal structure of D-Mannonate dehydratase from Novosphingobium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k8g
タイトルCrystal structure of D-Mannonate dehydratase from Novosphingobium aromaticivorans mutant (V161A, R163A, K165G, L166A, Y167G, Y168A, E169G)
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
D-mannonate dehydratase / : / D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain ...D-mannonate dehydratase / : / D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-mannonate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Lukk, T. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of D-Mannonate dehydratase from Novosphingobium aromaticivorans mutant (V161A, R163A, K165G, L166A, Y167G, Y168A, E169G)
著者: Wichelecki, D. / Lukk, T. / Nair, S.K. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2013年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0873
ポリマ－46,9701
非ポリマー1162
水9,620534
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,69224
ポリマ－375,7618
非ポリマー93116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
crystal symmetry operation5_757-x+2,y,-z+21
crystal symmetry operation6_577x,-y+2,-z+21
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
crystal symmetry operation8_777-y+2,-x+2,-z+21
Buried area50940 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area80280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.770, 125.770, 119.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

21A-682-

HOH

31A-730-

HOH

41A-816-

HOH

51A-888-

HOH

61A-1044-

HOH

71A-1086-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein


分子量: 46970.109 Da / 分子数: 1 / 変異: V161A, R163A, K165G, L166A, Y167G, Y168A, E169G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_3675 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4XF23
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Mother liqueur contained 28% PEG 400, 100 mM HEPES, NaOH, 200 mM Calcium chloride. Protein solution was at 20 mg/mL, 100 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→29.9 Å / Num. all: 131226 / Num. obs: 131204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.263 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 18.84
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.25-1.280.7663.8415307896121100
1.28-1.320.6384.6214973493771100
1.32-1.360.5425.4914634491261100
1.36-1.40.456.5814210888421100
1.4-1.440.3678.0113874486091100
1.44-1.490.3029.6913417183051100
1.49-1.550.23912.1612998980441100
1.55-1.610.19514.6612476977351100
1.61-1.690.16417.1911975074321100
1.69-1.770.1419.9911446371101100
1.77-1.860.11623.4110819067591100
1.86-1.980.09927.1910277364511100
1.98-2.110.08331.439487860241100
2.11-2.280.07434.968883356591100
2.28-2.50.06737.618136451901100
2.5-2.80.06139.997374647271100
2.8-3.230.05742.956502441991100
3.23-3.950.05145.195480635751100
3.95-5.590.04746.924298628041100
5.59-29.90.04445.48235781624199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→29.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9319 / SU ML: 0.08 / σ(F): 2 / 位相誤差: 12.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1482 6560 5 %random
Rwork0.141 ---
obs0.1413 131191 99.98 %-
all-131204 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 51.81 Å2 / Biso mean: 12.2156 Å2 / Biso min: 4.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3072 0 7 534 3613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1384479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.551192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.25-1.26420.19652160.186141174333
1.2642-1.27910.17962160.182140984314
1.2791-1.29470.20412170.177141314348
1.2947-1.3110.17132160.168140954311
1.311-1.32830.16782170.162141214338
1.3283-1.34650.17242170.160341304347
1.3465-1.36570.15982160.155741044320
1.3657-1.38610.16392160.156641044320
1.3861-1.40780.15822180.148841244342
1.4078-1.43090.16142170.147541294346
1.4309-1.45550.14522160.14140994315
1.4555-1.4820.15582180.137141454363
1.482-1.51050.13412170.133641274344
1.5105-1.54130.14842170.130841204337
1.5413-1.57480.14792180.131841494367
1.5748-1.61150.14672170.12941104327
1.6115-1.65180.14492170.128941364353
1.6518-1.69640.14322190.127541554374
1.6964-1.74630.13912180.13241444362
1.7463-1.80270.14752180.132641334351
1.8027-1.86710.14312180.13341594377
1.8671-1.94190.15862200.134741674387
1.9419-2.03020.15462190.133941704389
2.0302-2.13720.13892200.136341704390
2.1372-2.27110.15122180.131441494367
2.2711-2.44640.15082220.139742144436
2.4464-2.69240.14362210.142441914412
2.6924-3.08170.14262220.144842314453
3.0817-3.88130.13892250.137242644489
3.8813-29.94360.13582340.145644454679
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35420.107-0.12950.19220.12770.2112-0.02490.05190.1055-0.01350.0184-0.0118-0.16420.01460.05020.1283-0.0235-0.01390.09440.00310.1114147.9421169.5587122.4662
20.175-0.009-0.03230.15290.02550.2955-0.00190.0070.0378-0.0125-0.0026-0.0103-0.05960.01280.00390.0938-0.0148-0.01530.06310.00240.0847140.3135161.8566121.8701
30.67530.2486-0.52330.1554-0.03460.87480.0189-0.0833-0.00550.0284-0.0258-0.0743-0.04870.133-00.1253-0.011-0.02990.1227-0.01740.115143.1527150.0026151.4214
40.3276-0.0221-0.00150.3036-0.04680.3354-0.0058-0.04330.00680.043-0.0089-0.0161-0.00280.02330.01680.0692-0.0051-0.00910.0627-0.00010.0634137.0833139.2639140.7904
50.42820.334-0.05240.79880.01680.19580.0057-0.04820.06590.0305-0.01720.0181-0.06970.01950.0110.0851-0.0032-0.01630.0683-0.0070.0693134.1526159.0959132.6575
60.2108-0.1398-0.00712.0848-0.24640.2368-0.0194-0.05180.03760.07120.0225-0.0667-0.05990.05220.0060.1067-0.0262-0.01620.1096-0.00290.0884155.9945152.4615135.8206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 24 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 127 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 177 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 178 through 275 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 276 through 375 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 376 through 402 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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