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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dif | ||||||
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タイトル | HIV-1 PROTEASE IN COMPLEX WITH A DIFLUOROKETONE CONTAINING INHIBITOR A79285 | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | ASPARTIC PROTEINASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Silva, A.M. / Cachau, R.E. / Sham, H.L. / Erickson, J.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Inhibition and catalytic mechanism of HIV-1 aspartic protease. 著者: Silva, A.M. / Cachau, R.E. / Sham, H.L. / Erickson, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dif.cif.gz | 88.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dif.ent.gz | 73.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dif.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dif | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03367 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-A85 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 20479 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.0094 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 40709 / Rmerge(I) obs: 0.092 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 29.1 |