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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ddi | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SIR-FP60 | ||||||
要素 | SULFITE REDUCTASE [NADPH] FLAVOPROTEIN ALPHA-COMPONENT | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYTOCHROME P450 REDUCTASE (P450オキシドレダクターゼ) / FNR / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / MODULAR PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / riboflavin reductase (NADPH) activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP+ binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding ...assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / riboflavin reductase (NADPH) activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP+ binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Gruez, A. / Pignol, D. / Zeghouf, M. / Coves, J. / Fontecave, M. / Ferrer, J.L. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Four crystal structures of the 60 kDa flavoprotein monomer of the sulfite reductase indicate a disordered flavodoxin-like module. 著者: Gruez, A. / Pignol, D. / Zeghouf, M. / Coves, J. / Fontecave, M. / Ferrer, J.L. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ddi.cif.gz | 99.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ddi.ent.gz | 72.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ddi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1ddi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1ddi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42329.473 Da / 分子数: 1 / 断片: SIR-FP60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P38038, assimilatory sulfite reductase (NADPH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: AMMONIUM SULFATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→20 Å / Num. obs: 23679 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 23679 / Num. measured all: 212439 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.51→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / σ(I): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.1852 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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