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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dc7 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A TRANSIENTLY PHOSPHORYLATED "SWITCH" IN BACTERIAL SIGNAL TRANSDUCTION | ||||||
要素 | NITROGEN REGULATION PROTEIN | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / RECEIVER DOMAIN / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / CONFORMATIONAL REARRANGEMENT / TWO-COMPONENT SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of nitrogen utilization / 窒素固定 / phosphorelay response regulator activity / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Kern, D. / Volkman, B.F. / Luginbuhl, P. / Nohaile, M.J. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structure of a transiently phosphorylated switch in bacterial signal transduction. 著者: Kern, D. / Volkman, B.F. / Luginbuhl, P. / Nohaile, M.J. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Three-Dimensional Solution Structure of the N-Terminal Receiver Domain of NTRC 著者: Volkman, B.F. / Nohaile, M.J. / Amy, N.K. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dc7.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dc7.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dc7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/1dc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/1dc7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13636.604 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL RECEIVER DOMAIN(1-124) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P41789 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM / pH: 6.75 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K | ||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: STRUCTURE BASED ON A TOTAL OF 1768 UNIQUE DISTANCE CONSTRAINTS (OBTAINED FROM 3044 NOE CROSSPEAKS), INCLUDING 355 INTRARESIDUE, 464 SHORT-RANGE, 445 MEDIUM RANGE AND 504 LONG-RANGE ...詳細: STRUCTURE BASED ON A TOTAL OF 1768 UNIQUE DISTANCE CONSTRAINTS (OBTAINED FROM 3044 NOE CROSSPEAKS), INCLUDING 355 INTRARESIDUE, 464 SHORT-RANGE, 445 MEDIUM RANGE AND 504 LONG-RANGE CONSTRAINTS. DYANA 1.5 ANNEAL COMMAND (10000 STEPS) USED TO GENERATE 40 CONFORMERS. 20 LOWEST TARGET FUNCTION STRUCTURES ANALYZED. CONFORMER 4 CHOSEN FOR DEPOSITION AS CLOSEST TO MEAN COORDINATES OF THE ENSEMBLE. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |