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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d4t | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP IN COMPLEX WITH A SLAM PEPTIDE | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / SH2 DOMAIN (SH2ドメイン) / TYROSINE KINASE (プロテインチロシンキナーゼ) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / PEPTIDE RECOGNITION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 natural killer cell proliferation / regulation of vesicle fusion / negative regulation of CD40 signaling pathway / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of T cell cytokine production / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / natural killer cell differentiation / negative regulation of interleukin-12 production ...natural killer cell proliferation / regulation of vesicle fusion / negative regulation of CD40 signaling pathway / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / negative regulation of T cell cytokine production / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / natural killer cell differentiation / negative regulation of interleukin-12 production / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / 液性免疫 / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of immune response / cellular defense response / phagocytic vesicle / 食作用 / antigen binding / SH2 domain binding / positive regulation of JNK cascade / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / virus receptor activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity / 獲得免疫系 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Poy, F. / Yaffe, M.B. / Sayos, J. / Saxena, K. / Eck, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999 タイトル: Crystal structures of the XLP protein SAP reveal a class of SH2 domains with extended, phosphotyrosine-independent sequence recognition. 著者: Poy, F. / Yaffe, M.B. / Sayos, J. / Saxena, K. / Morra, M. / Sumegi, J. / Cantley, L.C. / Terhorst, C. / Eck, M.J. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: The X-linked lymphoproliferative disease gene product SAP regulates signals induced through the co-receptor SLAM 著者: Sayos, J. / Wu, C. / Morra, M. / Wang, N. / Terhosrt, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d4t.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d4t.ent.gz | 49.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d4t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11702.393 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD血液 / Cell: T CELL / プラスミド: T7-PRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60880 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1280.512 Da / 分子数: 1 / 断片: SLAM TAIL PEPTIDE (RESIDUES 276 TO 286) / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE NATURALLY OCCURS IN HUMANS (HOMO SAPIENS) 参照: UniProt: Q13291 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 100 MM HEPES PH 8.0, AND 100 MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→22 Å / Num. all: 34081 / % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.1 Å / Num. obs: 34081 / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 134878 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.1→8 Å / Num. parameters: 1032 / Num. restraintsaints: 1219 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 957 / Occupancy sum non hydrogen: 1147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / σ(F): 4 / Num. reflection Rfree: 171 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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