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- PDB-1cz7: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MINUS-END DIRECTED MICROTUBULE MOTOR P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cz7
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A MINUS-END DIRECTED MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD REVEALS VARIABLE DIMER CONFORMATIONS
要素MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / NCD CRYSTAL STRUCTURE / MICROTUBULE MOTORS / KINESIN SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / minus-end-directed microtubule motor activity / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of mitotic spindle assembly ...minus-end directed microtubule sliding / distributive segregation / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic spindle assembly / mitotic spindle elongation / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / minus-end-directed microtubule motor activity / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of mitotic spindle assembly / microtubule bundle formation / mitotic centrosome separation / meiotic spindle / spindle organization / mitotic spindle assembly / mRNA transport / mitotic spindle organization / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle / microtubule binding / hydrolase activity / cell division / centrosome / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein claret segregational
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kozielski, F.K. / De Bonis, S. / Burmeister, W. / Cohen-Addad, C. / Wade, R.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of the minus-end-directed microtubule motor protein ncd reveals variable dimer conformations.
著者: Kozielski, F. / De Bonis, S. / Burmeister, W.P. / Cohen-Addad, C. / Wade, R.H.
履歴
登録1999年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
B: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
C: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
D: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,27412
ポリマ－184,4684
非ポリマー1,8068
水2,666148
1
A: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
B: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1376
ポリマ－92,2342
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area32230 Å2
手法PISA
2
C: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
D: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1376
ポリマ－92,2342
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area35480 Å2
手法PISA
3
C: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
D: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
ヘテロ分子

C: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
D: MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,27412
ポリマ－184,4684
非ポリマー1,8068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area10740 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area69520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.194, 148.827, 261.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD / NCD / CLARET SEGREGATIONAL PROTEIN


分子量: 46117.004 Da / 分子数: 4 / 断片: CONSTRUCT MC5 FROM NCD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20480
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 4000, NACL, MGCL2, K3PO4, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 58.6 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
26.8 %PEG80001drop
31 M1dropNaCl
42 mMATP1drop
53.5 mMdithiothreitol1drop
610 mM1dropMgCl2
725 mMsodium phosphate1drop
825 mMsodium phophate1reservoir
913.5 %PEG80001reservoir
102 M1reservoirNaCl
117 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.928
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 50539 / Num. obs: 48773 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å
反射
*PLUS
Num. measured all: 136320
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 3 Å / Rmerge(I) obs: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: SIMULATED ANNEALING, NCS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2463 5 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 48773 96.5 %-
all-50539 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.632 Å20 Å20 Å2
2--15.315 Å20 Å2
3----29.946 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11179 0 112 148 11439
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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