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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cl0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED THIOREDOXIN REDUCTASE FROM ESCHERICHIA COLI. | ||||||
要素 | THIOREDOXIN REDUCTASEチオレドキシンジスルフィドレダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOENZYME (フラボタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thioredoxin-disulfide reductase complex / チオレドキシンジスルフィドレダクターゼ / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lennon, B.W. / Williams Jr, C.H. / Ludwig, M.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of reduced thioredoxin reductase from Escherichia coli: structural flexibility in the isoalloxazine ring of the flavin adenine dinucleotide cofactor. 著者: Lennon, B.W. / Williams Jr., C.H. / Ludwig, M.L. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of Escherichia coli thioredoxin reductase refined at 2 A resolution. Implications for a large conformational change during catalysis. 著者: Waksman, G. / Krishna, T.S. / Williams Jr., C.H. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cl0.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cl0.ent.gz | 57.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cl0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/1cl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/1cl0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1tdeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34529.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FAD AND ACTIVE SITE DISULFIDE (CYS 135 AND CYS 138) REDUCED BY SODIUM DITHIONITE AFTER CRYSTALLIZATION 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: TRXB-STRAIN / 遺伝子: TRXB / プラスミド: PTRR301 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TRXB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): A326 / 参照: UniProt: P0A9P4, EC: 1.6.4.5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 12009 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 82.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.119 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TDE 解像度: 2.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED DISORDERED REGION (RESIDUES 225-230) WAS MODELED STEREOCHEMICALLY. A HYDROGEN BOND PROBABLY EXISTS BETWEEN THE GAMMA SULFURS OF RESIDUES CYS 135 AND CYS 138.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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