+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cf8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Convergence of catalytic antibody and terpene cyclase mechanisms: polyene cyclization directed by carbocation-pi interactions | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CATALYTIC ANTIBODY (抗体酵素) / TERPENOID SYNTHASE / CARBOCATION / CYCLIZATION CASCADE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Paschall, C.M. / Hasserodt, J. / Jones, T. / Lerner, R.A. / Janda, K.D. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 1999 タイトル: Convergence of Catalytic Antibody and Terpene Cyclase Mechanisms: Polyene Cyclization Directed by Carbocation-pi Interactions 著者: Paschall, C.M. / Hasserodt, J. / Jones, T. / Lerner, R.A. / Janda, K.D. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE The proper sequence database reference not availabe due to fragments of variable region |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cf8.cif.gz | 98.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cf8.ent.gz | 73.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cf8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf8 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1yefS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23484.854 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB, VARIABLE REGION / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 129G1X+(MOUSE)/P3X63AG8.653 (MYELOMA) / 株: 129G1X+/BOY / 参照: UniProt: P01837*PLUS | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 23500.123 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB, VARIABLE REGION / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 129G1X+(MOUSE)/P3X63AG8.653 (MYELOMA) / 株: 129G1X+/BOY / 参照: UniProt: P01867*PLUS | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HAZ / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THIS PROTEIN IS A FAB FRAGMENT PRODUCED UPON THE DIGESTION OF FULL-LENGTH MURINE MONOCLONAL ...THIS PROTEIN IS A FAB FRAGMENT PRODUCED UPON THE DIGESTION OF FULL-LENGTH MURINE MONOCLONAL | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % 解説: USED MODEL OF SEQUENCE WITH ONLY VARYING RESIDUES CHANGED TO ALANINE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 詳細: DROP: 11.4 MG/ML FAB, 10MM CDCL2, 50 MM TRIS, PH 7.0, RESERVOIR: 30% PEG 6000, 100 MM HEPES PH 7.9, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月17日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 11531 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 80.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YEF 解像度: 2.7→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.299 / Rfactor Rwork: 0.232 |