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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cdg | |||||||||
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タイトル | NUCLEOTIDE SEQUENCE AND X-RAY STRUCTURE OF CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 IN A MALTOSE-DEPENDENT CRYSTAL FORM | |||||||||
要素 | CYCLODEXTRIN GLYCOSYL-TRANSFERASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE(GLUCANOTRANSFERASE) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Lawson, C.L. / Van Montfort, R. / Strokopytov, B.V. / Kalk, K.H. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Nucleotide sequence and X-ray structure of cyclodextrin glycosyltransferase from Bacillus circulans strain 251 in a maltose-dependent crystal form. 著者: Lawson, C.L. / van Montfort, R. / Strokopytov, B. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / de Vries, G.E. / Penninga, D. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Maltodextrin-Dependent Crystallization of Cyclomaltodextrin Glucanotransferase from Bacillus Circulans 著者: Lawson, C.L. / Bergsma, J. / Bruinenberg, P.M. / De Vries, G. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX RESIDUES 54 - 62 AND 65 - 68 OF THE HELIX RECORD BELOW CONSTITUTE ONE HELIX. | |||||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *AB8* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *AB8* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cdg.cif.gz | 152.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cdg.ent.gz | 121.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cdg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/1cdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/1cdg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO 372, PRO 506, PRO 624, AND PRO 634 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74575.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) 参照: UniProt: P43379, cyclomaltodextrin glucanotransferase | ||||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.62 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.164 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 24.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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