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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8i | |||||||||
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タイトル | BINDING MODE OF HYDROXYLAMINE TO ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE | |||||||||
要素 | PROTEIN (PEROXIDASE) | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | 'Arthromyces ramosus' (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wariishi, H. / Nonaka, D. / Johjima, T. / Nakamura, N. / Naruta, Y. / Kubo, K. / Fukuyama, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Direct binding of hydroxylamine to the heme iron of Arthromyces ramosus peroxidase. Substrate analogue that inhibits compound I formation in a competetive manner. 著者: Wariishi, H. / Nonaka, D. / Johjima, T. / Nakamura, N. / Naruta, Y. / Kubo, S. / Fukuyama, K. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997 タイトル: Binding Mode of Benzhydroxamic Acid to Arthromyces Ramosus Peroxidase Shown by X-Ray Crystallographic Analysis of the Complex at 1.6 A Resolution 著者: Itakura, H. / Oda, Y. / Fukuyama, K. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Binding of Iodide to Arthromyces Ramosus Peroxidase Investigated with X-Ray Crystallographic Analysis, 1H and 127I NMR Spectroscopy, and Steady-State Kinetics 著者: Fukuyama, K. / Sato, K. / Itakura, H. / Takahashi, S. / Hosoya, T. #3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996 タイトル: Pentacoordination of the Heme Iron of Arthromyces Ramosus Peroxidase Shown by a 1.8 A Resolution Crystallographic Study at Ph 4.5 著者: Kunishima, N. / Amada, F. / Fukuyama, K. / Kawamoto, M. / Matsunaga, T. / Matsubara, H. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structures of Cyanide-and Triiodide-Bound Forms of Arthromyces Ramosus Peroxidase at Different Ph Values. Perturbations of Active Site Residues and Their Implication in Enzyme Catalysis 著者: Fukuyama, K. / Kunishima, N. / Amada, F. / Kubota, T. / Matsubara, H. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of the Fungal Peroxidase from Arthromyces Ramosus at 1.9 A Resolution. Structural Comparisons with the Lignin and Cytochrome C Peroxidases 著者: Kunishima, N. / Fukuyama, K. / Matsubara, H. / Hatanaka, H. / Shibano, Y. / Amachi, T. #6: ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Peroxidase from a Fungus Arthromyces Ramosus 著者: Kunishima, N. / Fukuyama, K. / Wakabayashi, S. / Sumida, M. / Takaya, M. / Shibano, Y. / Amachi, T. / Matsubara, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c8i.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c8i.ent.gz | 61.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1gzbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35722.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) 'Arthromyces ramosus' (菌類) / 属: 'Arthromyces' / 参照: UniProt: P28313, ペルオキシダーゼ |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-BMA / |
-非ポリマー , 4種, 212分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HEM / | #6: 化合物 | ChemComp-HOA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % 解説: DATA WERE COLLECTED ON R-AXIS IV WITH CRYSTAL-IP DISTANCE OF 120 MM. | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22-24 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: used seeding, Kunishima, N., (1993) Proteins: Struct., Funct., Genet., 15, 216. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21938 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.94 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.177 / % possible all: 90.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 108471 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: PDB ENTRY 1GZB 解像度: 2→7 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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