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万見
- PDB-1c1s: RECRUITING ZINC TO MEDIATE POTENT, SPECIFIC INHIBITION OF SERINE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c1s
タイトルRECRUITING ZINC TO MEDIATE POTENT, SPECIFIC INHIBITION OF SERINE PROTEASES
要素TRYPSINトリプシン
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ZN(II)-MEDIATED SERINE PROTEASE INHIBITORS / PH DEPENDENCE / ZN(II) AFFINITY STUCTURE-BASED DRUG DESIGN / SERINE PROTEASE/INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(5-AMIDINO-BENZIMIDAZOLYL)METHANE / リン酸塩 / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Katz, B.A. / Luong, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Recruiting Zn2+ to mediate potent, specific inhibition of serine proteases.
著者: Katz, B.A. / Luong, C.
履歴
登録1999年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 2.02023年12月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0087
ポリマ－23,3241
非ポリマー6836
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.350, 55.350, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1022-

HOH

21A-1152-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TRYPSIN / トリプシン


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMPLEXED WITH BIS(5-AMIDINO-2-BENZIMIDAZOLYL)METHANE
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン

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非ポリマー , 5種, 285分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-BAB / BIS(5-AMIDINO-BENZIMIDAZOLYL)METHANE


分子量: 335.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N8
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細HIS91 IS MONOPROTONATED ON THE EPSILON NITROGEN, HIS40 AND HIS57 ARE MONOPROTONATED ON THE DELTA NITROGEN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 18 %
結晶化pH: 6.1
詳細: TRYPSIN-BENZAMIDINE, P3(1) 2 1 WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, AS DESCRIBED FOR P2(1) 2(1) 2(1) (LARGE CELL) (MANGEL, ET AL., BIOCHEMISTRY 29, 8351-8357, 1990) THE CRYSTAL WAS SOAKED IN A ...詳細: TRYPSIN-BENZAMIDINE, P3(1) 2 1 WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, AS DESCRIBED FOR P2(1) 2(1) 2(1) (LARGE CELL) (MANGEL, ET AL., BIOCHEMISTRY 29, 8351-8357, 1990) THE CRYSTAL WAS SOAKED IN A SOLUTION OF 1.25 M NA2PO4 . 7 H2O, 1.75 M KH2PO4, 2.0 % DMSO, SATURATED IN BABIM OVER A PERIOD OF 5 DAYS WITH SEVERAL REPLACEMENTS OF THE SOAKING SOLUTION., pH 6.1
結晶化
*PLUS
pH: 8.15 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Mangel, W.F., (1990) Biochemistry, 29, 8351.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
160 mg/mltrypsin1drop
20.05 MTris-HCl1drop
30.3 M1dropMgSO4
40.006 M1dropCaCl2
50.06 Mbenzamidine1drop
61.3 mMenzyme1drop
70.05 MTris-HCl1reservoir
81.6-1.8 M1reservoirMgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月16日 / 詳細: MSC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→36.6 Å / Num. obs: 23706 / % possible obs: 67 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 41.8
反射
*PLUS
冗長度: 2.4 % / Num. measured all: 56042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
bioteX(MSC)データ収集
bioteX(MSC)データ削減
X-PLORモデル構築
Quantaモデル構築
Insight IIモデル構築
X-PLOR3.1精密化
bioteXデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.63→7.5 Å / 交差検証法: X-PLOR / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT TERMS INCLUDED IN FOB FILE CREATED WITH STANDARD X-PLOR SCRIPT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 1657 10 %
Rwork0.185 --
obs0.185 16621 67 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 30 279 1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.57
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.7 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 123 10 %
Rwork0.367 1142 -
obs--41.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARMALLH3X_TRBAB_PO4_61.P / Topol file: TOPALLH6X_TRBAB_PO4_61.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7.5 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.57
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.411 / Rfactor Rwork: 0.186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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