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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bxq | ||||||
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タイトル | ACID PROTEINASE (PENICILLOPEPSIN) COMPLEX WITH PHOSPHONATE INHIBITOR. | ||||||
要素 | PROTEIN (PENICILLOPEPSIN) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PHOSPHONATE INHIBITORS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Penicillium janthinellum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.41 Å | ||||||
データ登録者 | Parrish, J.C. / Khan, A.R. / Fraser, M.E. / Smith, W.W. / Bartlett, P.A. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Lowering the entropic barrier for binding conformationally flexible inhibitors to enzymes. 著者: Khan, A.R. / Parrish, J.C. / Fraser, M.E. / Smith, W.W. / Bartlett, P.A. / James, M.N. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998 タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. 3. Design, Synthesis, and Evaluation of an Inhibitor Bridged between P2 and P1' 著者: Smith, W.W. / Bartlett, P.A. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998 タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. 2.X-Ray Crystallographic Analyses of Penicillopepsin Complexed with a P3-P1 Macrocyclic Peptidyl Inhibitor and with its Two Acyclic Analogues 著者: Ding, J. / Fraser, M.E. / Meyer, J.H. / Bartlett, P.A. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bxq.cif.gz | 85.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bxq.ent.gz | 61.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33468.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penicillium janthinellum (菌類) / 参照: UniProt: P00798, ペニシロペプシン |
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#2: 糖 |
-非ポリマー , 5種, 412分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-PP8 / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.4 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M CH3COONA 35% SATD. AMMONIUM SULPHATE PH 4.6 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→8 Å / Num. obs: 45997 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.33 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 56.035 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 1.31 % / Rmerge(I) obs: 0.0938 / Mean I/σ(I) obs: 13.26 / % possible all: 66.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 107304 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: 1PPL 解像度: 1.41→10 Å / Num. parameters: 11619 / Num. restraintsaints: 10360 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 2279.3 / Occupancy sum non hydrogen: 2861.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→10 Å
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拘束条件 |
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