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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bs3 | ||||||
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タイトル | P.SHERMANII SOD(FE+3) FLUORIDE | ||||||
要素 | SUPEROXIDE DISMUTASEスーパーオキシドディスムターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SUPEROXIDE DISMUTASE (スーパーオキシドディスムターゼ) / FLUORIDE (フッ化物) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Schmidt, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999 タイトル: Manipulating the coordination mumber of the ferric iron within the cambialistic superoxide dismutase of Propionibacterium shermanii by changing the pH-value A crystallographic analysis 著者: Schmidt, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bs3.cif.gz | 97.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bs3.ent.gz | 77.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bs3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/1bs3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/1bs3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.2028, -0.0019, -0.9792), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22659.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: COMPETITIVELY INHIBITED BY FLOURIDE. FLUORIDE OCCUPIES SUBSTRATE BINDING SITE. 由来: (天然) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア) 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: PZ3 参照: UniProt: P80293, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.1 / 詳細: pH 6.1 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→39.7 Å / Num. obs: 45799 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.62 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Rsym value: 0.148 / % possible all: 67 |
反射 | *PLUS Num. obs: 45923 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.036 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1AR5 解像度: 1.55→9 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.5 / 詳細: IRON AND FLUORIDE REFINED UNRESTRAINED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.62 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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