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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bna | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A B-DNA DODECAMER. CONFORMATION AND DYNAMICS | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | データ登録者 | Drew, H.R. / Wing, R.M. / Takano, T. / Broka, C. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R.E. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981 タイトル: Structure of a B-DNA dodecamer: conformation and dynamics. 著者: Drew, H.R. / Wing, R.M. / Takano, T. / Broka, C. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R.E. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981 タイトル: Kinematic Model for B-DNA 著者: Dickerson, R.E. / Drew, H.R. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of a B-DNA Dodecamer. II. Influence of Base Sequence on Helix Structure 著者: Dickerson, R.E. / Drew, H.R. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of a B-DNA Dodecamer. III. Geometry of Hydration 著者: Drew, H.R. / Dickerson, R.E. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1980 タイトル: Crystal Structure Analysis of a Complete Turn of B-DNA 著者: Wing, R. / Drew, H.R. / Takano, T. / Broka, C. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bna.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bna.ent.gz | 15.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bna_validation.pdf.gz | 366.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bna_full_validation.pdf.gz | 375.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bna_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bna_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bna | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 290.00K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 詳細: Watson, J.D., (1953) Nature, 171, 737. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | 検出器: DIFFRACTOMETER |
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放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→8 Å / Num. obs: 5534 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: JACK-LEVITT / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / σ(I): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(I): 2 / Rfactor all: 0.239 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |