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万見
- PDB-1bh9: HTAFII18/HTAFII28 HETERODIMER CRYSTAL STRUCTURE WITH BOUND PCMBS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bh9
タイトルHTAFII18/HTAFII28 HETERODIMER CRYSTAL STRUCTURE WITH BOUND PCMBS
要素
  • TAFII18
  • TAFII28
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX / HTAFII18 / HISTONE FOLD / TATA BINDING PROTEIN (TATA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation by host of viral transcription / nuclear vitamin D receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...positive regulation by host of viral transcription / nuclear vitamin D receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / 核小体 / ゴルジ体 / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PARA-MERCURY-BENZENESULFONIC ACID / Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Birck, C. / Poch, O. / Romier, C. / Ruff, M. / Mengus, G. / Lavigne, A.-C. / Davidson, I. / Moras, D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Human TAF(II)28 and TAF(II)18 interact through a histone fold encoded by atypical evolutionary conserved motifs also found in the SPT3 family.
著者: Birck, C. / Poch, O. / Romier, C. / Ruff, M. / Mengus, G. / Lavigne, A.C. / Davidson, I. / Moras, D.
履歴
登録1998年6月16日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAFII18
B: TAFII28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7463
ポリマ－15,3882
非ポリマー3581
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.800, 48.400, 70.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TAFII18 / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 18 KD SUBUNIT


分子量: 5266.026 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 31 - 75 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: HELA / 細胞内の位置: NUCLEUS細胞核 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q15543
#2: タンパク質 TAFII28 / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID 28 KD SUBUNIT


分子量: 10121.784 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 113 - 201 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: HELA / 細胞内の位置: NUCLEUS細胞核 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q15544
#3: 化合物 ChemComp-PMB / PARA-MERCURY-BENZENESULFONIC ACID


分子量: 357.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5HgO3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18-15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
310 %PEG40001reservoir
410 %ammonium sulfate1reservoir
5100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 1.003
検出器検出器: CCD / 日付: 1998年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 5119 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 15.3 / Rsym value: 0.173 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 35105 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.173

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 508 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 4890 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1074 0 11 28 1113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 45 10 %
Rwork0.285 438 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PMB.PARPMB.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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