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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1beh | ||||||
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タイトル | HUMAN PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH CACODYLATE | ||||||
要素 | PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING / SIGNALLING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylethanolamine binding / negative regulation of MAPK cascade / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions ...phosphatidylethanolamine binding / negative regulation of MAPK cascade / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein kinase binding / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Banfield, M.J. / Barker, J.J. / Perry, A. / Brady, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Function from structure? The crystal structure of human phosphatidylethanolamine-binding protein suggests a role in membrane signal transduction. 著者: Banfield, M.J. / Barker, J.J. / Perry, A.C. / Brady, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1beh.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1beh.ent.gz | 67.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1beh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/1beh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/1beh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.48316, 0.87203, -0.07827), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21086.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM, MEMBRANE-ASSOCIATED細胞質 / プラスミド: PET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30086 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28-32% PEG 4000/6000/8000, 200-300 MM SODIUM ACETATE, 100MM SODIUM CACODYLATE., pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 38803 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BD9 解像度: 1.75→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.83 Å / Rfactor all: 0.268 / Rfactor obs: 0.322 |