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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bee | ||||||
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タイトル | HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH TRP 175 REPLACED BY TYR | ||||||
要素 | HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
キーワード | DEHALOGENASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ridder, I.S. / Vos, G.J. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Kinetic analysis and X-ray structure of haloalkane dehalogenase with a modified halide-binding site. 著者: Krooshof, G.H. / Ridder, I.S. / Tepper, A.W. / Vos, G.J. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Crystallographic Analysis of the Catalytic Mechanism of Haloalkane Dehalogenase 著者: Verschueren, K.H. / Seljee, F. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Refined X-Ray Structures of Haloalkane Dehalogenase at Ph 6.2 And Ph 8.2 And Implications for the Reaction Mechanism 著者: Verschueren, K.H. / Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes 著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10 著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bee.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bee.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bee_validation.pdf.gz | 409.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bee_full_validation.pdf.gz | 410.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bee_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bee_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/1bee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/1bee | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35138.734 Da / 分子数: 1 / 変異: I2V, W175Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) 株: GJ10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50% AMMONIUM SULFATE, 100 MM MES, PH 5.6 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年5月8日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→32 Å / Num. obs: 7742 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 1.7 % / Rsym value: 0.277 / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 13050 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.8 % / Rmerge(I) obs: 0.277 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 2HAD 解像度: 2.6→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 交差検証法: THROUGHOUT, EXCEPT LAST STEP IN WHICH ALL DATA (WORK+TEST SET) WERE USED σ(F): 0 詳細: B-FACTORS WERE TAKEN FROM 2HAD AND KEPT CONSTANT DURING REFINEMENT
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.3 |