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- PDB-1bak: SIGNAL TRANSDUCTION PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN OF G-PROTEIN COUPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bak
タイトルSIGNAL TRANSDUCTION PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN OF G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE 2 (BETA-ADRENERGIC RECEPTOR KINASE 1), C-TERMINAL EXTENDED, NMR, 20 STRUCTURES
要素G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / PH DOMAIN / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / G-BETA-GAMMA BINDING DOMAIN / BETA-ADRENERGIC RECEPTOR KINASE / BETA-ARK / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE (GRK-2)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / positive regulation of catecholamine secretion / tachykinin receptor signaling pathway / Activation of SMO ...beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / positive regulation of catecholamine secretion / tachykinin receptor signaling pathway / Activation of SMO / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of the force of heart contraction / Calmodulin induced events / cardiac muscle contraction / viral genome replication / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / 繊毛 / receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / heart development / G alpha (s) signalling events / postsynapse / G alpha (q) signalling events / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / symbiont entry into host cell / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases ...GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-adrenergic receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Fushman, D. / Cowburn, D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: The solution structure and dynamics of the pleckstrin homology domain of G protein-coupled receptor kinase 2 (beta-adrenergic receptor kinase 1). A binding partner of Gbetagamma subunits.
著者: Fushman, D. / Najmabadi-Haske, T. / Cahill, S. / Zheng, J. / LeVine 3rd., H. / Cowburn, D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structural Studies on the Ph Domains of Dbl, SOS1, Irs-1, and Beta Ark1 and Their Differential Binding to G Beta Gamma Subunits
著者: Mahadevan, D. / Thanki, N. / Singh, J. / Mcphie, P. / Zangrilli, D. / Wang, L.M. / Guerrero, C. / Levine III, H. / Humblet, C. / Saldanha, J. / Gutkind, J.S. / Najmabadi-Haske, T.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Binding of G Protein Beta Gamma-Subunits to Pleckstrin Homology Domains
著者: Touhara, K. / Inglese, J. / Pitcher, J.A. / Shaw, G. / Lefkowitz, R.J.
履歴
登録1997年11月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2141
ポリマ－14,2141
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE 2 / GRK-2 / BETA-ADRENERGIC RECEPTOR KINASE 1 / BETA-ARK 1


分子量: 14214.492 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL EXTENDED PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / 変異: D552G, Y553S, A554H, L555M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25098, EC: 2.7.1.126

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-15N)HSQC
121(1H-13C)HSQC
131HSQC-J
141HTQC
1512D AND 3D 15N-NOESY-HMQC (IN H2O
161IN D2O) AND HOHAHA-HMQC
17113C-NOESY-HMQC
181(H)CCH-TOCSY
191CBCANH
1101CBCA(CO)NH
1111HNCA
1121HN(CO)CA
1131HNCO
1141{1H}15N-NOE
1151H2O-SELECTIVE 15N-EDITED NOESY AND ROESY
1161H-D-EXCHANGE

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試料調製

試料状態pH: 4.5 / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002

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解析

NMR software
名称分類
XwinNMR構造決定
XEASY構造決定
DIANA構造決定
DYANA構造決定
DYANA精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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