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- PDB-1b6s: STRUCTURE OF N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b6s
タイトルSTRUCTURE OF N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE
要素PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
キーワードLYASE (リアーゼ) / ATP-GRASP / CARBOXYPHOSPHATE / PURINE BIOSYNTHESIS (プリン代謝)
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドシンターゼ / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 ...Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional structure of N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase: a member of the ATP grasp protein superfamily.
著者: Thoden, J.B. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Holden, H.M.
履歴
登録1999年1月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
B: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
C: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
D: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,92212
ポリマ－158,1164
非ポリマー1,8068
水8,845491
1
A: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
B: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9616
ポリマ－79,0582
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27790 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
D: PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9616
ポリマ－79,0582
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 92.100, 102.600
Angle α, β, γ (deg.)66.10, 82.70, 81.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE) / AIRC / PURK


分子量: 39528.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09029, ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein11
2100 mMHEPES11
3125 mM11KCl
45.0 mM11MgCl2
55 mMAMP-PNP11
68-17 %(w/v)PEG11

-
データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER AXS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年10月1日 / 詳細: GOBEL MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 66345 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.72 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.181 / % possible all: 89.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータスケーリング
XCALIBREデータ削減
AMoRE位相決定
TNT5D精密化
SAINTデータ削減
XCALIBREデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B6R

1b6r


解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rwork0.185 --
all0.185 --
obs-66345 95.7 %
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 282.7 Å2 / ksol: 0.915 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11029 0 112 491 11632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013114340.6
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.23154971.1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.27366380
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0062982.5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01316403.5
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.009213
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.30
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0133.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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