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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b3k | ||||||
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タイトル | Plasminogen activator inhibitor-1 | ||||||
要素 | PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1プラスミノーゲンアクチベーターインヒビター1 | ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / SERPIN (セルピン) / PAI-1 (プラスミノーゲンアクチベーターインヒビター1) / INHIBITOR (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / ヘイフリック限界 / ECM proteoglycans / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of cell migration / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-8 production / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / defense response to Gram-negative bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Sharp, A.M. / Stein, P.E. / Pannu, N.S. / Read, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: The active conformation of plasminogen activator inhibitor 1, a target for drugs to control fibrinolysis and cell adhesion. 著者: Sharp, A.M. / Stein, P.E. / Pannu, N.S. / Carrell, R.W. / Berkenpas, M.B. / Ginsburg, D. / Lawrence, D.A. / Read, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b3k.cif.gz | 260.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b3k.ent.gz | 215 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b3k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b3k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42782.023 Da / 分子数: 4 / 変異: N150H, K154T, Q319L, M354I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACTIVE FORM / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P05121 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 % / 解説: LATENT PAI-1 STRUCTURE BY E.GOLDSMITH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: CRYSTALS WERE PRODUCED BY THE HANGING DROP METHOD EQUILIBRATING PURIFIED PROTEIN AT 5MG/ML IN 10 MM NA CACODYLATE, PH 6.8, O.25 M NACL, 1 MM EDTA AGAINST 27-32% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 0. ...詳細: CRYSTALS WERE PRODUCED BY THE HANGING DROP METHOD EQUILIBRATING PURIFIED PROTEIN AT 5MG/ML IN 10 MM NA CACODYLATE, PH 6.8, O.25 M NACL, 1 MM EDTA AGAINST 27-32% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 0.25 M NA CL AND 10 MM CACODYLATE PH 6.8 AT ROOM TEMPERATURE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 111 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: QUARTZ / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→24.35 Å / Num. obs: 25373 / % possible obs: 70.7 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 2.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1016 / Net I/σ(I): 5.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.16 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3361 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / % possible all: 20.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 20.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: LATENT PAI-1 解像度: 2.99→24.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high rms absF: 1112462.94 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.99→24.35 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.99→3.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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