+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1atj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RECOMBINANT HORSERADISH PEROXIDASE C1A | ||||||
要素 | PEROXIDASE C1A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / 液胞 / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Armoracia rusticana (セイヨウワサビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Gajhede, M. / Schuller, D.J. / Henriksen, A. / Smith, A.T. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of horseradish peroxidase C at 2.15 A resolution. 著者: Gajhede, M. / Schuller, D.J. / Henriksen, A. / Smith, A.T. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Recombinant Horseradish Peroxidase 著者: Henriksen, A. / Gajhede, M. / Baker, P. / Smith, A.T. / Burke, J.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1atj.cif.gz | 439.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1atj.ent.gz | 365.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1atj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/1atj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/1atj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1schS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33746.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Armoracia rusticana (セイヨウワサビ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00433, ペルオキシダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 詳細: 16% (W/V) PEG 4000, 0.2 M ZINC ACETATE AND 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Braithwaite, A., (1976) J. Mol. Biol., 106, 229. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→100 Å / Num. obs: 73216 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.9 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 65.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 142833 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.19 Å / % possible obs: 65.4 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SCH 解像度: 2.15→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→100 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|