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- PDB-1aom: SUBSTRATE AND PRODUCT BOUND TO CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aom
タイトルSUBSTRATE AND PRODUCT BOUND TO CYTOCHROME CD1 NITRITE REDUCTASE
要素NITRITE REDUCTASE銅含有亜硝酸還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ENZYME (酵素) / NITRITE REDUCTASE (銅含有亜硝酸還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒドロキシルアミンレダクターゼ / hydroxylamine reductase activity / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / electron transfer activity / ペリプラズム / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. ...C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
二酸化窒素 / ヘム / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 一酸化窒素 / 銅含有亜硝酸還元酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus pantotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Williams, P.A. / Fulop, V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Haem-ligand switching during catalysis in crystals of a nitrogen-cycle enzyme.
著者: Williams, P.A. / Fulop, V. / Garman, E.F. / Saunders, N.F. / Ferguson, S.J. / Hajdu, J.
履歴
登録1997年7月8日-
改定 1.01998年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRITE REDUCTASE
B: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3297
ポリマ－125,2112
非ポリマー2,1175
水19,4201078
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.700, 60.600, 100.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.716984, 0.550397, 0.427781), (0.545203, -0.825157, 0.147884), (0.434382, 0.127197, -0.891703)
ベクター: -27.69604, 4.48448, 107.20798)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NITRITE REDUCTASE / 銅含有亜硝酸還元酵素


分子量: 62605.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus pantotrophus (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 参照: UniProt: P72181

-
非ポリマー , 5種, 1083分子

#2: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D / ヘム


分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10
#3: 化合物 ChemComp-2NO / NITROGEN DIOXIDE / 亜硝酸 / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル / 一酸化窒素


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1078 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化pH: 7
詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE 50MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 CRYSTALS WERE REDUCED USING 16MM SODIUM DITHIONITE. CRYSTAL 1 SOAKED IN NITRITE.
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Fulop, V., (1993) J. Mol. Biol., 232, 1211.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
21.1-1.15 Mammonium sulfate1drop
325 mMpotassium phosphate1drop
42.2-2.3 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.88
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 98949 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.046
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rsym value: 0.155 / % possible all: 77.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 299460 / Rmerge(I) obs: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化解像度: 1.8→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 --
Rwork0.181 --
obs0.181 98949 90.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7782 0 146 1078 9006
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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