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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a75 | ||||||
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タイトル | WHITING PARVALBUMIN | ||||||
要素 | (PARVALBUMINパルブアルブミン) x 2 | ||||||
キーワード | CALCIUM BINDING PROTEIN (カルシウム結合タンパク質) / MUSCLE PROTEIN (骨格筋) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Merlangius merlangus (魚類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Declercq, J.P. / Baneres, J.L. / Rambaud, J. / Parello, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Tertiary Structure of a Trp-Containing Parvalbumin from Whiting (Merlangius Merlangus). Description of the Hydrophobic Core 著者: Declercq, J.P. / Baneres, J.L. / Rambaud, J. / Parello, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: X-Ray Structure of a New Crystal Form of Pike 4.10 Beta Parvalbumin 著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of the Unique Parvalbumin Component from Muscle of the Leopard Shark (Triakis Semifasciata). The First X-Ray Study of an Alpha-Parvalbumin 著者: Roquet, F. / Declercq, J.P. / Tinant, B. / Rambaud, J. / Parello, J. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Ionic Interactions with Parvalbumins. Crystal Structure Determination of Pike 4.10 Parvalbumin in Four Different Ionic Environments 著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J. / Rambaud, J. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystal Structure Determination and Refinement of Pike 4.10 Parvalbumin (Minor Component from Esox Lucius) 著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J. / Etienne, G. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a75.cif.gz | 56 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a75.ent.gz | 41.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a75.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a75 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5cpvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9998, -0.0184, 0.0012), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11335.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Merlangius merlangus (魚類) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P02621 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11361.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Merlangius merlangus (魚類) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P02621 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: SITTING DROP. RESERVOIR: 1 ML 2.1M NAH2PO4/NA2HPO4 (PH 6.0) 0.7M (NH4)2SO4, 0.02%(W/V) NAN3 DROP: 10 MICROL. PROTEIN SOLUTION (15MG/ML) +10 MICROL. RESERVOIR SOLUTION., vapor diffusion - sitting drop |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→12 Å / Num. obs: 12412 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 1.54 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.48 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 73.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5CPV 解像度: 1.9→12 Å / Num. parameters: 7243 / Num. restraintsaints: 7757 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1810 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
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拘束条件 |
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