+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a4c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | AZURIN MUTANT WITH MET 121 REPLACED BY HIS, PH 3.5 CRYSTAL FORM, DATA COLLECTED AT-180 DEGREES CELSIUS | ||||||
要素 | AZURIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / CUPROPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Achromobacter denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Messerschmidt, A. / Prade, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: Rack-induced metal binding vs. flexibility: Met121His azurin crystal structures at different pH. 著者: Messerschmidt, A. / Prade, L. / Kroes, S.J. / Sanders-Loehr, J. / Huber, R. / Canters, G.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a4c.cif.gz | 151.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1a4c.ent.gz | 124.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a4c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a4c_validation.pdf.gz | 410.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1a4c_full_validation.pdf.gz | 419.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a4c_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a4c_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/1a4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/1a4c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14004.870 Da / 分子数: 4 / 変異: M121H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Achromobacter denitrificans (バクテリア) 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: AZU / プラスミド: PCH11 / 遺伝子 (発現宿主): AZU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P00280 #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 / 詳細: NO MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→27.74 Å / Num. obs: 21288 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.402 / % possible all: 93.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / Num. obs: 19093 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 59933 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2AZA 解像度: 2.45→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Rfactor Rwork: 0.3559 / Total num. of bins used: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Num. reflection obs: 2116 |