+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a44 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING PROTEIN FROM CALF BRAIN | ||||||
要素 | PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING / LIPID-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAP2K and MAPK activation / Negative regulation of MAPK pathway / negative regulation of MAPK cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / lipid binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Serre, L. / Vallee, B. / Zelwer, C. / Schoentgen, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the phosphatidylethanolamine-binding protein from bovine brain: a novel structural class of phospholipid-binding proteins. 著者: Serre, L. / Vallee, B. / Bureaud, N. / Schoentgen, F. / Zelwer, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a44.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1a44.ent.gz | 37.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/1a44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/1a44 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20754.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CALF / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 器官: BRAIN脳 / 参照: UniProt: P13696 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97 |
検出器 | 日付: 1997年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→36.04 Å / Num. obs: 14517 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 9.742 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 98.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 48585 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.84→36 Å / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→36 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 32 Å / Rfactor obs: 0.147 / Rfactor Rfree: 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |