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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 192d | ||||||||||||||||||
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タイトル | RECOMBINATION-LIKE STRUCTURE OF D(CCGCGG) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / FLIPPED-OUT BASES | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.92 Å | データ登録者 | Malinina, L. / Urpi, L. / Salas, X. / Huynh-Dinh, T. / Subirana, J.A. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 | タイトル: Recombination-like structure of d(CCGCGG). 著者: Malinina, L. / Urpi, L. / Salas, X. / Huynh-Dinh, T. / Subirana, J.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 192d.cif.gz | 17 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb192d.ent.gz | 11.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 192d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 192d_validation.pdf.gz | 323.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 192d_full_validation.pdf.gz | 323.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 192d_validation.xml.gz | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 192d_validation.cif.gz | 2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/92/192d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/92/192d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: OTHER / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.92 Å / Num. all: 13022 / Num. obs: 2297 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.92 Å / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.7 % / Num. measured all: 13022 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.92→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |