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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9908 | |||||||||
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タイトル | Structure of PSI-isiA supercomplex from Thermosynechococcus vulcanus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Akita F / Nagao R / Kato K / Shen JR / Miyazaki N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Structure of a cyanobacterial photosystem I surrounded by octadecameric IsiA antenna proteins. 著者: Fusamichi Akita / Ryo Nagao / Koji Kato / Yoshiki Nakajima / Makio Yokono / Yoshifumi Ueno / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Jian-Ren Shen / Seiji Akimoto / Naoyuki Miyazaki / 要旨: Iron-stress induced protein A (IsiA) is a chlorophyll-binding membrane-spanning protein in photosynthetic prokaryote cyanobacteria, and is associated with photosystem I (PSI) trimer cores, but its ...Iron-stress induced protein A (IsiA) is a chlorophyll-binding membrane-spanning protein in photosynthetic prokaryote cyanobacteria, and is associated with photosystem I (PSI) trimer cores, but its structural and functional significance in light harvesting remains unclear. Here we report a 2.7-Å resolution cryo-electron microscopic structure of a supercomplex between PSI core trimer and IsiA from a thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus. The structure showed that 18 IsiA subunits form a closed ring surrounding a PSI trimer core. Detailed arrangement of pigments within the supercomplex, as well as molecular interactions between PSI and IsiA and among IsiAs, were resolved. Time-resolved fluorescence spectra of the PSI-IsiA supercomplex showed clear excitation-energy transfer from IsiA to PSI, strongly indicating that IsiA functions as an energy donor, but not an energy quencher, in the supercomplex. These structural and spectroscopic findings provide important insights into the excitation-energy-transfer and subunit assembly mechanisms in the PSI-IsiA supercomplex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9908.map.gz | 36.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9908-v30.xml emd-9908.xml | 27 KB 27 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9908_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9908.png | 102.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9908 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9908_validation.pdf.gz | 387.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9908_full_validation.pdf.gz | 387.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9908_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9908_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9908 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.113 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : PSI-isiA
+超分子 #1: PSI-isiA
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit psaX
+分子 #13: Iron stress in-duced protein A
+分子 #14: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #15: CHLOROPHYLL A
+分子 #16: PHYLLOQUINONE
+分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #18: BETA-CAROTENE
+分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #21: CALCIUM ION
+分子 #22: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |