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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9194 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | T20S proteasome using Topaz at threshold t-3 (EMPIAR-10025 reprocessing) | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryosparc v0 sharpened map for Topaz t-3 threshold | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Bepler T / Morin A / Brasch J / Shapiro L / Noble AJ / Berger B | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Res Comput Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs. 著者: Tristan Bepler / Andrew Morin / Alex J Noble / Julia Brasch / Lawrence Shapiro / Bonnie Berger / | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9194.map.gz | 229.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9194-v30.xml emd-9194.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9194.png | 173.5 KB | ||
マスクデータ | emd_9194_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_9194_additional.map.gz emd_9194_additional_1.map.gz emd_9194_half_map_1.map.gz emd_9194_half_map_2.map.gz | 119.9 MB 119.9 MB 226.8 MB 226.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9194 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9194 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v0 sharpened map for Topaz t-3 threshold | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6575 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_9194_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryosparc v0 unsharpened map for Topaz t-3 threshold
ファイル | emd_9194_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v0 unsharpened map for Topaz t-3 threshold | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryosparc v0 unsharpened map for Topaz t-3 threshold
ファイル | emd_9194_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v0 unsharpened map for Topaz t-3 threshold | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryosparc v0 halfmap A for Topaz t-3 threshold
ファイル | emd_9194_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v0 halfmap A for Topaz t-3 threshold | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryosparc v0 halfmap B for Topaz t-3 threshold
ファイル | emd_9194_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v0 halfmap B for Topaz t-3 threshold | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T20S proteasome
全体 | 名称: T20S proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: T20S proteasome
超分子 | 名称: T20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
組換発現 | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.21 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging. Vitrification carried out at room temperature.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 160658 詳細: All initial particles were used in the final reconstruction; ie. no particle filtering or classification was performed. |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Cryosparc v0 ab initio |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc v0 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc v0 |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - バージョン: 0 / 詳細: CryoSparc v0 homogeneous 3D refinement. / 使用した粒子像数: 160658 |
詳細 | CryoSparc v0 homogeneous 3D refinement. No particle pre-processing. |