+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9166 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1 antigen binding fragment | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1-Fab | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Williams JA / Lee KK / Overbaugh J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Kappa chain maturation helps drive rapid development of an infant HIV-1 broadly neutralizing antibody lineage. 著者: Cassandra A Simonich / Laura Doepker / Duncan Ralph / James A Williams / Amrit Dhar / Zak Yaffe / Lauren Gentles / Christopher T Small / Brian Oliver / Vladimir Vigdorovich / Vidya Mangala ...著者: Cassandra A Simonich / Laura Doepker / Duncan Ralph / James A Williams / Amrit Dhar / Zak Yaffe / Lauren Gentles / Christopher T Small / Brian Oliver / Vladimir Vigdorovich / Vidya Mangala Prasad / Ruth Nduati / D Noah Sather / Kelly K Lee / Frederick A Matsen Iv / Julie Overbaugh / 要旨: HIV-infected infants develop broadly neutralizing plasma responses with more rapid kinetics than adults, suggesting the ontogeny of infant responses could better inform a path to achievable vaccine ...HIV-infected infants develop broadly neutralizing plasma responses with more rapid kinetics than adults, suggesting the ontogeny of infant responses could better inform a path to achievable vaccine targets. Here we reconstruct the developmental lineage of BF520.1, an infant-derived HIV-specific broadly neutralizing antibody (bnAb), using computational methods developed specifically for this purpose. We find that the BF520.1 inferred naive precursor binds HIV Env. We also show that heterologous cross-clade neutralizing activity evolved in the infant within six months of infection and that, ultimately, only 2% SHM is needed to achieve the full breadth of the mature antibody. Mutagenesis and structural analyses reveal that, for this infant bnAb, substitutions in the kappa chain were critical for activity, particularly in CDRL1. Overall, the developmental pathway of this infant antibody includes features distinct from adult antibodies, including several that may be amenable to better vaccine responses. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9166.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9166-v30.xml emd-9166.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9166_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9166.png | 39.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9166 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9166_validation.pdf.gz | 355.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_9166_full_validation.pdf.gz | 354.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9166_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9166_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9166 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM of BG505.SOSIP.664 in complex with BF520.1-Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664
全体 | 名称: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of BF520.1 Fab in complex with BG505.SOSIP.664 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Envelope Glycoprotein gp120
分子 | 名称: Envelope Glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.278301 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG R |
-分子 #2: Envelope Glycoprotein gp41
分子 | 名称: Envelope Glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: BF520.1 Fab variable region
分子 | 名称: BF520.1 Fab variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.974941 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE MKMPGASVKV SCKASGYTFT GNYIHWVRQA PGQGLEWMGW IAPHSGDTSY AQRFQGRVTM TGDTSLSTAY MELSRLRSD DTAVYYCARG PFPNYYGPGS YWGGLDFWGQ GTLVSVSSEI VMTQSPATLS VSLGERATLS CRTSQNVAYN F AWYQQKPG ...文字列: QVQLVQSGAE MKMPGASVKV SCKASGYTFT GNYIHWVRQA PGQGLEWMGW IAPHSGDTSY AQRFQGRVTM TGDTSLSTAY MELSRLRSD DTAVYYCARG PFPNYYGPGS YWGGLDFWGQ GTLVSVSSEI VMTQSPATLS VSLGERATLS CRTSQNVAYN F AWYQQKPG QAPRLLIYEA SSRATGTPAR FSGSGFGTEF TLTISSMQSE DFAVYYCQQY NNWPSPFTFG PGTKVHIK |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 9 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |